От основного русла Волхова рукав отделяется в 2 км от озера Ильмень[2], севернее Рюрикова Городища. Затем Малый Волховец огибает Великий Новгород и вновь впадает в Волхов за Хутынским монастырём, в районе Холопьего городка, образуя, таким образом, большой остров, на котором, кроме прочего, находится Торговая сторона Великого Новгорода. Имеет протяжённость 17 км.
Примерно через 1 км после истока разделяется на два рукава — Левошню и Правошню, которые сливаются вновь перед Синим мостом Великого Новгорода. Справа в Малый Волховец впадает река Вишера.
Ежегодно, во время весеннего половодья река сильно разливается и, ввиду небольшой протяжённости, приобретает вид озера.
На берегах Малого Волховца находятся деревни Шолохово, Волотово и Новониколаевское; архитектурные памятники: останки Кирилло-Афанасьевского монастыря, Холопий городок, церковь Спаса на Ковалёве, церковь Успения на Волотовом поле и Хутынский монастырь.
Рукава современного Малого Волховца Левошня и Правошня образуют между собой остров Нелезен, на котором, до разрушения в годы ВОВ, стоял вышеуказанный Кирилло-Афанасьевский монастырь[3].
Ранее в Малый Волховец впадала также небольшая речка Ситенка, которая после начала строительства железнодорожной магистрали Петроград — Орёл была перекопана.