Открывший остров капитан Кук дал ему название Сандвичев остров (англ. Sandwich island), однако позднее он решил дать это название Гавайским островам. Таким образом, остров был переименован и получил название Харви (англ. Harvey island) в честь адмирала Августа Харви. Это название распространилось также на всю южную группу островов. В 1824 году русский мореплаватель Крузенштерн предложил переименовать острова в честь открывшего их Кука. Основное полинезийское название острова было дано его легендарным первооткрывателем Руатапу. На вновь открытом острове он обнаружил большое количество птиц, а потому назвал его Manu-Enua — «земля птиц». Другие полинезийские названия также связаны с птицами: Enua-Kura — «земля красноперых птиц», Te Tapuae-Manu — «след птицы».
Современное название острова — Manuae — переводится как «Дом птиц» и первоначально было названием меньшего моту атолла[1].
Атолл Мануаэ расположен в южной части Тихого океана на полпути между островами Аитутаки (101 км на северо-запад) и Атиу (111 км на юго восток). Остров является коралловым атоллом, расположенным на вершине подводного вулкана, возвышающегося над уровнем дна океана на 4000 м[2]. Атолл состоит из двух моту, по форме напоминающих отпечаток копыта: моту Мануаэ (площадью 2,1 км²) и моту Те Ау-о-Ту (площадью 3,9 км²)[1]. Лагуна атолла имеет приблизительные размеры 7 на 4 км. Лагуна мелкая и имеет множество песчаных банок[2]. Максимальная высота острова над уровнем моря — всего 5 м.
Остров является морским заповедником и имеет важное значение для размножения морских птиц и черепах в центральной части Тихого океана. Воды вокруг острова богаты рыбой[2]. В 13 км к западу от острова расположено поднятие дна, известное как банка Астрономов[3].
По легендам островитян Аитутаки, атолл Мануаэ был открыт их предком Руатапу. После открытия он отправил на необитаемый атолл жену с детьми для основания знатной династии. По другой легенде, открытый Руатапу атолл был уже населен[1].
Атолл Мануаэ стал первым из Островов Кука, открытый Джеймсом Куком. Во время второй своей экспедиции Кук посетил Таити и оттуда отправился на юго-запад. 23 сентября 1773 года он увидел этот атолл, а на следующий день проплыл мимо, не увидев населения острова[1]. Во время своего третьего плавания 6 апреля 1777 года люди Кука вступили в контакт с островитянами. В 1863 году торговый корабль забрал с острова Уильяма Мастерса и его жён и перевёз их на атолл Палмерстон, где Мастерс продолжил создание собственной династии[4]. Вместе с другими островами Кука Манауэ стал колонией Британской империи в 1888 году. Атолл был превращён в штрафную колонию вместо Раротонги. Заключённые работали на Торговую компанию островов Кука, которая превратила остров в плантацию копры. Колония была закрыта в 1915 году, когда тюрьма была построена на Раротонге. Остров неоднократно сдавался в аренду (в последний раз до 23 июля 1969 года).