Маргарита фон Бабенберг (нем. Margarete von Babenberg, ок. 1204 — 29 октября 1266) — королева Германии в 1225—1235 годах, герцогиня Австрийская в 1252—1260 годах, королева Чехии в 1253—1260 годах.
Маргарита была дочерью австрийского герцога Леопольда VI и Феодоры Ангелины (принадлежавшей к правящей семье Византии).
29 ноября 1225 года она вышла замуж за германского короля Генриха VII, сына императора Фридриха II. На момент свадьбы Маргарите был 21 год, в то время как Генриху — 14.
Вступив брак против своей воли, Генрих открыто пренебрегал женой, а после смерти тестя, так и не выплатившего условленного приданого, стал добиваться развода. В 1235 году Генрих восстал против отца, но проиграл, был лишён трона и помещён под стражу. Считается, что 12 февраля 1242 года во время переезда из Никастро в Мартирано Генрих умер вследствие неудачного падения с лошади. Маргарита в это время жила в уединении в Вюрцбурге.
В 1246 году в сражении на реке Лейта погиб брат Маргариты, австрийский герцог Фридрих II, последний представитель династии Бабенбергов, что вызвало спор о наследстве. Основными претендентами на герцогства Австрия и Штирия являлись два человека: муж Маргариты (будучи старшей сестрой покойного герцога, она являлась ближайшим кровным родственником), и муж её племянницы Гертруды, герцогини Мёдлингской, претендовавшей на право первородства (она была дочерью старшего брата покойного герцога).
Чешский король Вацлав I хотел приобрести контроль над бесхозными герцогствами, женив на Гертруде своего старшего сына и наследника Владислава. Они были провозглашены герцогом и герцогиней Австрийскими, однако Владислав умер в следующем 1247 году. Следующим герцогом Австрии стал второй муж Гертруды — Герман, который умер в 1250 году, вновь оставив Австрию без правителя.