Марк Юний Силан происходил из уважаемого плебейского сенаторского рода Юниев Силанов. Его отца звали Гай Юний Силан, а его матерью была Аппия Клавдия, возможно, дочь консула 38 года до н. э. Аппия Клавдия Пульхра. Его сестрой, по всей видимости, была весталка Юния Торквата, а братьями — Децим Юний Силан и консул 10 года Гай Юний Силан.
В 15 году Силан занимал должность консула-суффекта. В 20 году он ходатайствовал перед императором Тиберием о возвращении из изгнания своего брата Децима, который был осуждён по обвинению в прелюбодеянии с Юлией Младшей, внучкой императора Августа. Ходатайство Марка было удовлетворено принцепсом[1].
Силан считался выдающимся оратором и имел особое право первым высказывать своё мнение по обсуждаемым законопроектам в сенате, что было честью и могло определить ход дальнейшего голосования[2]. В 22 году он внёс предложение выставлять на общественных и частных строениях, в случае указания на них памятной даты, имена не консулов, а тех, кто облечён трибунской властью[3], что стало очередной почестью для Тиберия и его сына Друза.
Когда в 27 году в Риме сгорели все строения на холме Целий, то только статуя Тиберия в доме сенатора Юния осталась невредимой[4]. Предположительно, здесь подразумевается друг Тиберия Марк Юний Силан. В 31 году в Ахайе объявился самозванец, который некоторое время выдавал себя за Друза, сына Германика, но потом заявил, что является сыном Марка Юния Силана[5]. В 32 году Силан поддержал меры, направленные против Ливиллы, изобличённой в участии в заговоре Сеяна[6].
Вероятно, Силан был женат на Эмилии Лепиде, дочери Павла Эмилия Лепида[7]. В браке у них было две дочери: Юния Силана и Юния Клавдилла. В 33 году Юния Клавдилла вышла замуж за будущего императора Калигулу. По всей видимости, около 36 года Юния Клавдилла скончалась. В 37 году Калигула вступил на престол. Поначалу Силан пытался оказывать на него влияние, но Калигула не потерпел этого, поскольку опасался знатности и авторитета бывшего тестя, и начал унижать его. Спустя некоторое время Силан был обвинён принцепсом в стремлении захватить власть и, по одним источникам, был казнён[8], а по другим — покончил жизнь самоубийством[9].