Ниндзо Мацумура родился 9 января 1856 года в семье самурайского сословия в Мацуока в провинции Хитати. В 1870 году отправился в Токио и поступил в Южный колледж Токийского университета — подразделение университета, в котором иностранные преподаватели учили детей самураев языкам Запада.
В 1877 году был принят на работу в ботанический сад Коисикава Коракуэн в Токио. В 1883 году Мацумура стал экстраординарным профессором Токийского университета. В 1885 году отправился в Германию, продолжал обучение ботаники у профессора Юлиуса Сакса в Вюрцбургском университете и у профессора Эрнста Пфитцера в Гейдельбергском университете. По возвращении в Японию в 1888 году вновь стал экстраординарным профессором естественнонаучного факультета Токийского университета.
С 1890 по 1921 Мацумура был полным профессором систематической ботаники в Университете. С 1891 года он стал управляющим сада Коисикава Коракуэн. В 1891 году Ниндзо Мацумура также получил степень доктора наук, был избран президентом Токийского ботанического общества, на эту должность переизбирался многократно вплоть до 1923 года. В 1897 году избран директором Ботанического сада.
В 1906 году Мацумура вновь ездил в Европу. Также в 1906 году он получил степень доктора права Абердинского университета. В 1907 году Ниндзо Мацумура стал членом-корреспондентом Немецкого ботанического общества. В 1908 году стал академиком Токийской королевской академии наук. С 1911 года — член-корреспондент Эдинбургского ботанического общества.
В 1922 году оставил изучение ботаники и преподавательскую деятельность, стал перерабатывать неопубликованные рукописи по языковедению. В ноябре 1923 года пережил инсульт. 4 мая 1928 года Ниндзо Мацумура скончался.