В конце января 1997 года Владимир Гусинский создал медиахолдинг ЗАО «Медиа-Мост», куда были переданы все медийные активы Группы «Мост» после прекращения его существования[7][8]. После этого он ушёл из Группы «Мост» и стал генеральным директором медиахолдинга «Медиа-Моста»[9], позже был назначен председателем Совета директоров.
11 мая 2000 года сотрудники Генпрокуратуры, ФСБ[10][11] и ФСНП России произвели обыски в центральных офисах холдинга Гусинского «Медиа-Мост»[12][13] в Большом Палашёвском переулке и на Воронцовской улице[14] в связи с уголовным делом, возбуждённым в отношении холдинга 26 апреля по статьям 137 (нарушение неприкосновенности частной жизни), 138 (нарушение тайны переписки) и 181 (незаконное получение и разглашение сведений, составляющих коммерческую или банковскую тайну) Уголовного кодекса РФ[15]. 16 мая в связи с обысками был создан Общественный совет НТВ, возглавленный Михаилом Горбачёвым[16][17]. Первое заседание совета состоялось 24 июня[18].
13 июня 2000 года был арестован Владимир Гусинский[19] — по обвинению в «хищении чужого имущества в крупном размере группой лиц путём обмана и злоупотребления доверием, с использованием служебного положения, мошенничество». Он был доставлен в Москву и помещён в следственный изолятор «Бутырская тюрьма»[20][21]. В то же время в СМИ появилось словосочетание «Протокол номер 6». В нём утверждалось, что, как только он (Гусинский) отдаст компанию, его уголовное преследование прекратится[22]. После этого Гусинский вылетает в Испанию, где и поселяется на постоянной основе[23].
19 сентября 2000 года Общественный совет НТВ рассмотрел ситуацию вокруг телекомпании в свете ставших известными подробностей переговоров «Газпром-Медиа» с «Медиа-Мостом». Совет считает, что этот вопрос напрямую связан с угрозой свободе слова в России[24].
В ноябре 2000 года Владимир Гусинский объявлен в международный розыск Генеральной прокуратурой РФ[25]. Причиной этого стало возбуждение нового уголовного дела — бизнесмена обвинили в незаконном получении кредитов под несуществующие активы. 12 декабря 2000 года Гусинский был арестован, Генпрокуратура требует у Испании его выдачи. 22 декабря бизнесмен был освобождён из-под стражи после внесения залога в 1 миллиард песет (5 миллионов долларов), ему было запрещено покидать Испанию[26].
17 ноября 2000 года «Газпром» и «Медиа-Мост» подписали соглашение об урегулировании задолженности по кредиту в 211 млн долларов. Согласно этому соглашению Газпром получил в собственность 25 % акций плюс 1 акция радиостанции «Эхо Москвы», спутникового оператора «НТВ-Плюс», «НТВ-Профит», «НТВ-Мир кино» и других компаний, входящих в «Медиа-Мост»[27].