Музей Наварры — учреждение правительства Наварры, которое было основано в 1956 году. Располагается на улице Санто-Доминго в старом городе Памплоны. Фасад музея и входящая в музей часовня датируются XVI веком.
Здание музея располагается на месте бывшего госпиталя Нуэстра Сеньора де ла Мисерикордия, основанного в XVI веке, от которого сохранились только парадный вход основного здания и интерьер часовни.
Фасад 1556 года работы Хуана де Вильярреаля и Мартина де Аскарате — это единственный сохранившийся в Памплоне образец гражданской Архитектуры Возрождения. Он представляет из себя интерпретацию классической триумфальной арки с богатым орнаментальным репертуаром, типичным для стиля платереско.
Боковой вход, который ведёт в часовню, имеет фасад в форме алтарного украшения XVII века, происходящего из церкви, которая находилась на улице Майор, напротив церкви Сантьяго в Пуэнте-ла-Рейна. Сама часовня была создана Хуаном де Анчета в готическо-ренессансном стиле между 1547 и 1550 годами. Сегодня часовня является частью музея и используется как аудитория.
В 1932 году деятельность госпиталя была перенесена в здание Госпиталя Наварры. В 1952 году под руководством Хосе Йарноса Ларросы начались работы по переустройству здания в музей, в результате которых от постройки времён ренессанса почти ничего не сохранилось.
В 1986 году архитекторы Хорди Гарсес и Энрик Сориа произвели преобразование для модернизации и реорганизации музея. Согласно реорганизации, демонстрируются только самые важные предметы, с тем, чтобы было доступно больше места для их осмотра. Предполагалось с помощью включения актового зала, зала временных выставок и других услуг придать музею более публичный характер. Коллекция была упорядочена в хронологической последовательности, с новым залом для доисторических объектов, расположенным под садом, римскими мозаиками на первом этаже и всем остальным на четырёх этажах.