Заселение территории на месте города осуществлялось ещё с XVII века. В это время небольшие семейства переселились из села Великорецкого в Белозёрье, появившееся неподалёку от современной территории Мурашей. Окончательно формирование Белозерья как деревни произошло в XVIII веке, примерно тогда же деревня стала центром Пинюжанской волости.
Для того, чтобы положить начало более короткому сообщению регионов Сибири и Архангельской области, необходимо было построить железную дорогу. Предполагалось, что это будет один из важнейших торговых путей в России того времени. 13 мая 1895 года царь Николай II подписал Указ о строительстве Пермь-Котласской железной дороги. В итоге железная дорога была построена и сдана в эксплуатацию в 1898 году. В этом же году появилась станция и поселение вокруг неё.
Небольшой посёлок у станции Мураши относился к Пинюжанской волости Орловского уезда Вятской губернии. Волостное управление находилось в деревне Белозёрье, расположившейся близ станции (около 6 км). Там же располагалась единственная начальная школа на всю волость, а больница была за 30 км, в селе Верходворье. Станцию назвали в честь исчезнувшей деревни Мураши, расположившейся неподалёку от Белозёрья на реке Переходнице. В этой деревне и проживала половина населения рабочих.
К началу XX века станция Мураши представляла собой небольшое поселение, которое насчитывало всего 12 домов. В 1904 году в посёлке открылась двухклассная школа, а затем здесь появилась и своя поликлиника. В 1915 году с местного населения начали собирать сборы, чтобы приобрести помещение для школы с четырёхлетним обучением. В те времена такая школа называлась Высшим начальным училищем. Культурно-просветительское общество также собирало с населения деньги и на создание своей районной библиотеки, в которой изначально насчитывалось лишь несколько десятков книг.
Несколько позднее, в 1918 году, в посёлке Мураши появилась семилетняя школа, которая лишь в 1933 году впервые получила статус среднего учебного заведения.
С 1929 года — районный центр Мурашинского района в Нижегородском крае. В 1934 году район, вместе с посёлком, перешёл в Кировский край, преобразованный в 1936 году в Кировскую область. С 1944 года — город.