Учебное заведение было основано в 1846 г. при 2-й соборной мечети Троицка. Первоначально медресе было традиционным конфессиональным учебным заведением с небольшим числом учащихся (в 1869 г. — 25 человек, в 1881 — 35 человек).[1]
В 1896 г. по инициативе попечителей медресе, купцов Яушевых, «Мухаммадия» была преобразована в новометодное училище, что способствовало росту его популярности[2]. Накануне Первой мировой войны в медресе училось уже 250 человек, оно считалось одним из лучших учебных заведений на Южном Урале[1].
После Октябрьской революции 1917 г. и установления в регионе советской власти медресе было закрыто. Учебное здание и общежитие для студентов стали использоваться в качестве жилых помещений.
В конце XIX в. попечителями учебного заведения были купцы братья Яушевы, которые ежегодно расходовали на его финансирование от 8 до 10 тыс.руб.[2] В 1899 г. купец Мухаммедшариф Яушев завещал 35 тыс.рублей для образования вакуфного фонда для содержания 2-й соборной мечети и медресе «Мухаммадия».