Ещё до основания города, в его предшественнике, находящемся у впадения реки Охты в Неву, в шведском городе Ниене находились два лютеранских храма — для финской ингерманландской и шведской общин города. Позднее, в 1640-х гг. (или же уже после русско-шведской войны 1656 года), была, возможно, построена церковь для немецкой общины. В ходе Северной войны город был взят, а затем уничтожен вместе с храмами. На сегодняшний день всё, что осталось от храмов — люстра финского храма. Она висит в зале храма финской общины города Стокгольма неподалёку от Королевского дворца.
Первая иноверческая церковь — немецкая кирха — была построена одновременно с основанием города на Заячьем острове, в Петропавловской крепости. Позже храм был перенесён на Невский проспект, в выделенный для лютеран участок, где она располагается и сегодня. В начале XX века из каждой тысячи жителей 73 были лютеранами, 47 — католиками. Значительное количество составляли немцы, мусульмане-татары и иудеи. Царское правительство, понимая важность для столицы межконфессионального мира, давало разрешение на отправление церковных обрядов и строительство зданий для облегчения деятельности религиозных общин.
До революции в Санкт-Петербурге было около 100 орга́нов[1], следовательно, примерно столько же было протестантских (чаще лютеранских) и католических церквей — в других они, чаще всего, не используются. К 1991 году осталось примерно 10 инструментов, к 2014 году их стало около 20.
С началом Первой мировой войны большинство немцев уехало в Германию. Немецкая община была самой большой из иностранных общин русской столицы. Петербургским немцам предоставлялось полное право исповедовать свою религию, создавать школы, общества, издавать прессу на родном языке, соблюдать национальные обычаи и традиции.
Более 90 % петербургских немцев были протестантами. В начале XX века в северной столице действовало около десяти немецких лютеранских храмов и Немецкая реформатская церковь. Некоторые из этих зданий, построенных по проектам известных петербургских немцев, существуют и поныне.
При четырёх церквях — Петрикирхе, Анненкирхе, Катеринен-кирхе и Немецкой реформатской на Мойке — существовали училища или школы, которые содержались за счёт церковной (немецкой) общины, отчего и назывались они немецкими, хотя на самом деле были многонациональными: никаких национальных или религиозных ограничений при поступлении туда не существовало.