Расположено в Тугнуйской долине на востоке Мухоршибирского района. Вдоль юго-восточной окраины Никольска проходит федеральная трасса Р258 «Байкал». Расстояние до райцентра, села Мухоршибирь — 42 км.
В 6 км к востоку от села по речушке Дайдуха идет граница с Забайкальским краем. Село стоит на границе двух ландшафтных областей: с юго-запада вплотную подходит монгольская лесостепь с большими площадями сухих степей, поросших богородской травой, полынью, мышиным горошком. С востока и юго-востока подходит лес. Сопки на юге лишены леса, ниже начинают сбегать сосны, а ещё ниже, более густо, — сосна, лиственница, в сырых местах — ель. Северные склоны вплоть до вершины представляют непролазную «Чепуру». Здесь и лиственница, и берёза, здесь сосна и осина и лес этот с примесью багульника. Раскорчеванные и распаханные склоны вокруг села Никольского перерезаны огромной сетью глубоких оврагов.
Климат — резко континентальный. Зимой температура опускается ниже −40 °C. Летом поднимается до +30 °C. Весна начинается в марте, тогда же и начинаются забайкальские ветры с примесью пыли. Осень продолжительная, тёплая.
По преданию, за провинность по службе из Удинского острога был изгнан казак Николай (фамилия и отчество неизвестны). Под конвоем он был препровождён в район Мухоршибирской слободы и оставлен на жительство в таёжном лесу. После одинокого скитания мужчине повстречался местный житель, бурят. Николай, как смог, поведал своему встречному о случившемся. Выслушав казака, бурят пообещал помочь и сдержал своё слово. Вскоре из ближайшего улуса приехали на конях несколько бурятских мужчин и помогли изгнанному казаку построить дом, обнесли его оградой и поставили ворота. На фасаде вырезали ножом — 1737 год. Этот дом и этот год и стали отправной точкой в истории села Никольск. Место жительства казака буряты назвали «Николска зимовьё».