Занимаясь в Париже изучением богословия и древнееврейского языка, Николь сблизился с Пор-Роялем, стал там профессором и принимал деятельное участие во всех трудах Пор-Рояля — «Logique», «Grainmaire générale», «Méthode», a также в его религиозной полемике.
Друг и сотрудник Антуана Арно, Николь не обладал его непреклонным характером: слабый, робкий и сдержанный, он терялся в устных дебатах и лишь в тиши кабинета находил те доводы, которые делали его одним из лучших тогдашних полемистов. Преследования, которым подвергались янсенисты, его единомышленники, и страх перед иезуитами, которых раздражили его нападки, довели Николя, в 1658 г., до бегства в Германию; лишь благодаря увещаниям Арно он решился возвратиться.
Смерть покровительницы Николя, герцогини Лонгвиль, заставила его опять искать убежища вне Франции; он бежал в Нидерланды и, только получив, по ходатайству архиепископа парижского, разрешение возвратиться на родину, поселился в Шартре, затем в Париже, где всецело погрузился в свой любимый и главный труд: «Essais de morale» — собрание небольших рассуждений о вопросах этики и религии.
Полемика по-прежнему привлекала Николя, но, изменив свои воззрения, он обращался, по преимуществу, против протестантов. От янсенистов он отрекся совершенно; произведения, написанные им в последний период его жизни, рассорили его с прежними друзьями по Пор-Роялю.
Произведения Николя, очень популярные в своё время, позже были почти забыты, кроме небольшого рассуждения: «Des moyens de conserver la paix avec les hommes» (из «Essais de morale»), которое перепечатывалось много раз, и «Логики Пор-Рояля», написанной в соавторстве с А. Арно.