Ниоро был основан в XVI или XVII веке рабом по имени Дьянванде; своего высшего расцвета город достиг в XVIII веке, когда стал столицей королевства Каарта народа бамбара. Позже город становится важным торговым центром между верхним Сенегалом и Суданом. В начале 1850-х годов тукулёрский завоеватель Эль-Хадж Омар захватил государство Каарта и обратил его население в ислам. В 1854 году от построил в Ниоро большую мечеть.
Расположен в 241 км к северо-востоку от города Каес и в 443 км к северо-западу от столицы страны, города Бамако, на границе с Мавританией. Высота города над уровнем моря — 276 м[1]. Имеется небольшой аэропорт.