Центром духовной жизни являются богослужения, которые, как правило, проходят два раза в неделю — в воскресенье и в будний день среди недели.
Богослужение протекает как свободная проповедь, построенная на одном или нескольких стихах из Библии. Основными темами проповедей является наставление прихожан на христианский способ жизни, поиск новых духовных сил, радость о будущем детей Божьих, вечное спасение, вечное искупление, чувство защищённости в руке Божией. Кульминацией богослужения является причащение (представляет собой облатку из пресного теста с тремя каплями вина). Последователи причащаются на каждом богослужении. Заканчивается богослужение совместной молитвой и пением троекратного «аминь». Все богослужения сопровождаются пением хора и игрой оркестра .
В церкви отмечаются следующие церковные праздники: Рождество Христово, Пасха, Троица, День благодарения[2].
18 крупных объединений — апостольских округов, руководителем округа является окружной апостол. Окружные апостолы объединены в коллегиум, во главе с первоапостолом. Административный и духовный центр расположен в Цюрихе. Округа поделены на подокруга, которые делятся на общины[3].
С Пятидесятницы 2013 года Новоапостольскую церковь возглавляет Жан-Люк Шнайдер. Являясь первоапостолом (положение среди других апостолов сравнимо с положением, которое занимал апостол Пётр), он направляет деятельность церкви из своей резиденции в Цюрихе. Жан-Люк Шнайдер — француз по национальности и девятый первоапостол с момента основания церкви[4].
В дореволюционной литературе можно выделить работы A.C. Пругавина. В них проанализированы социальные истоки вероучения Новоапостольской церкви, даются некоторые представления о богослужебной деятельности Католической апостольской общины (предшественнице Новоапостольской церкви) в Санкт-Петербурге. Кроме того, в книгах приводятся выдержки из бесед автора с первым священнослужителем петербургской общины, которые дают ценный материал для анализа социально-исторических процессов, способствовавших появлению исследуемой религиозной организации. В других изданиях отсутствуют какие-либо сведения о Новоапостольской церкви.