Остров Крит был частью Османской империи от турецко-венецианской войны 1645—1669 до создания в 1898 году автономного государства Крит.
В ходе турецко-венецианской войны (1645—1669) Турция захватила у Венеции остров Крит. Большая часть острова была занята в первых годы войны, но столица Кандия оказывала сопротивление. В результате этого осада Кандии продлилась с 1648 до 1669 года. После этой войны Венеция сохранила три крепости: Суда, Грамвуса и Спиналонга, которые были захвачены Турцией в ходе турецко-венецианской войны 1714—1718.
После завоевания и до административной реформы 1864 года, остров Крит являлся эялетом Крит (тур. Eyalet-i Girit), и в результате реформ Танзимата с 1864 до 1898 года вилайетом Крит (тур. Girit Vilayeti)
Постепенно, в результате политики налогового и других гражданских привилегий мусульманам, количество сторонников ислама возросло. С точки зрения современных исследователей их количество в начале 19 века составило 45 % от числа населения острова. Небольшое количество были криптохристианами. По османской переписи 1881 года, христиане составляли 76 % населения, а мусульмане (обычно именуемые «турками» независимо от языка, культуры, и родословной) только 24 %. Христиане составляли свыше 90 % населения в 19/23 районов острова Крит, а мусульмане преобладали (свыше 60 %) в трех крупных городах на северном побережье, и в Монофатси (англ. Monofatsi).
Греческая война за независимость началась в 1821 году, и жители Крита приняли в ней активное участие. Восстание христиан встретило жестокий отпор от турецких властей. Между 1821 и 1828 годами остров был сценой военных действий. Поскольку у султана не было сильной армии, Махмуд II попросил помощи у своевольного вассала хедива Египта, Мухаммеда Али, сыну которого должен был достаться в управление остров. Хедив послал экспедицию на остров. Но великие державы (Великобритания, Россия и Франция) решили установить мир в регионе. В 1827 году в ходе Наваринского сражения турецко-египетский флот был разбит союзниками. Но в состав Греции в 1830 году остров не вошёл.
В 1832 году правителем острова стал наместник Египта албанец Мустафа Найли-паша (англ. Mustafa Naili Pasha), пытавшийся создать мультикультурное образование. По мнению западноевропейских наблюдателей, он был умеренным правителем. Женившись на дочери христианского священника, он позволил ей оставаться христианкой, чем вызвал недовольство мусульман Крита. В 1834 в Афинах была создана организация, стремившаяся объединить Крит с Грецией.