Алексе́й Никола́евич Пету́нников (1842—1919) — русский ботаник-систематик и флорист, исследователь флоры Московской губернии.
Начальное образование получал в Петропавловской школе и во 2-й Московской гимназии, где познакомился с ботаником Н. Н. Кауфманом.
В 1860 году поступил на кафедру ботаники физико-математического факультета Московского университета, который окончил в 1864 году. В 1865 году Петунников и его друг, химик Григорий Вырубов, предприняли экскурсию по долине реки Воронеж. В 1865 году стал действительным, а в 1908 году – почетным членом Московского общества испытателей природы.
В 1866 году Вырубов и Петунников в Париже подготовили магистерские диссертации. Летом 1866 года они путешествовали по Италии, осенью вернулись в Москву. Диссертация Петунникова под названием «Метаморфоз клеточной стенки» была принята (стал магистром в 1867 году), а Вырубов, огорчённый задержкой с принятием диссертации, навсегда покинул Россию.
Последующие 10 лет Петунников преподавал в различных гимназиях, в Константиновском межевом институте и в Александровском военном училище. В 1870—1871 Петунников оставил преподавание и стал писать острокритические заметки в либеральной газете «Русская летопись». Он писал об опасности низведения занятий наукой до уровня дилетантов, а также о её бюрократизации. После закрытия «Русской летописи» Петунников продолжил писать статьи для журнала «Природа». С 1873 года он работал заведующим бульварами в Московской городской управе.
В 1882 году вместе с главой города С. М. Третьяковым покинул городскую управу, однако в 1886—1888 работал в водопроводной комиссии.