По площади занимал 21 120,25 км²(18 559,1 кв. вёрст), население по состоянию на 1897 год — 33 661 человек[1]. Уездным городом являлся Пудож.
Пудожский уезд располагался в северо-восточной части Олонецкой губернии и граничил с Повенецким уездом на севере, Вытегорским и Каргопольским уездами на юге и Архангельской губернией на востоке.
Западная (большая) часть Пудожского уезда орошается реками бассейна Онежского озера, восточная — бассейна реки Онега. Есть речки впадающие в глухие озёра. В Онежское озеро впадают реки Туба, Водла, Чёрная, Гакукса. Из рек бассейна Онежского озера судоходна Водла на 20,3 км от устья до села Подпорожье, и приток Водлы, река Шала, на 26,7 км от устья.
Река Онега с левым притоком Кеной служит границей Пудожского уезда с Каргопольским уездом, кроме реки Кена все притоки Онеги в Пудожском уезде незначительны. К бассейну реки Онеги надо причислить протекающую в средней части уезда реку Токша с притоком Ундошей, как имеющую сообщение с рекой Кеной через озера Свиное и Кенозеро. Из многочисленных озёр уезда наиболее значительны: Водлозеро — 467,84 км², Ундозеро — 74,654 км², Шардозеро — 34,141 км², Тубозеро — 23,216 км², Рангозеро — 21,85 км², Сумозеро — 18,777 км²[2], Свиное — 16,16 км², Муромское — 16,388 км². На границе с Каргопольским уездом лежит озеро Кенозеро, из площади которого 15,022 км² причисляется к Пудожскому уезду, на границе с Онежским уездом Архангельской губернии — Кожозеро (17,184 км² — к Пудожскому уезду).
В 1785 году по приказу Екатерины II часть территорий Вытегорского и Каргопольского уездов обособляются в отдельный Пудожский уезд[3].
Основными занятиями жителей являлось земледелие и сплав леса по рекам. Среди жителей уезда было широко распространено старообрядчество[4].