30 августа 1999 года в Восточном Тиморе под эгидой ООН состоялся референдум, в ходе которого за независимость от Индонезии высказались 78,5 % жителей этой территории. Голосование сопровождалось всплеском насилия. В результате в Восточный Тимор был введён миротворческий контингент ООН, который смог установить в стране некоторое подобие законности и порядка. По результатам референдума Индонезия признала независимость Восточного Тимора. 30 октября 1999 года последние индонезийские войска ушли из страны.
23 февраля 2000 года в стране была учреждена Временная администрация ООН (ВАООНВТ) вначале на срок три месяца, по истечении которых её мандат был продлён. Целями переходного периода являлись: содействие организации национальных государственных структур, административной и судебной систем, подготовка к выборам органов самоуправления. ВАООНВТ руководила страной до 2002 года.
Независимость Тимора или его региональная автономия были невозможны во время Нового порядка Сухарто. Несмотря на то, что индонезийское общественное мнение в 1990-е годы показывало понимание положения в Тиморе, среди индонезийцев было широко распространено опасение, что независимый Восточный Тимор может дестабилизировать единство всей Индонезии[1]. Азиатский финансовый кризис однако привёл к большим переменам в Индонезии и стал причиной отставки Сухарто в мае 1998 года, закончив его 32-летнее правление[2]. Прабово, находившийся в то время уже в управлении Индонезийского стратегического резерва, отправился в изгнание в Иорданию, а военные операции в Восточном Тиморе стоили разорившемуся индонезийскому правительству миллион долларов в день[3]. Последовавшая «реформация» (индон. Reformasi) стала переходным периодом политической открытости, включая ранее неслыханные дебаты по индонезийским отношениям с Восточным Тимором.
Индонезия и Португалия 5 мая объявили о том, что достигнуто соглашение о проведении референдума, в котором жители Восточного Тимора смогут выбрать между автономией или независимостью. Голосование под управлением миссии ООН в Восточном Тиморе (МООНВТ) должно было быть проведено 8 августа, но было отсрочено до 30-го. Индонезия также взяла на себя ответственность за безопасность, что вызвало беспокойство в Восточном Тиморе; однако многие наблюдатели считали, что в противном случае Индонезия запретила бы иностранным миротворцам находиться в Тиморе во время голосования[4].
30 августа 1999 года при посредничестве специальной миссии ООН (UNAMET) в Восточном Тиморе прошёл референдум. Каждый из 200 избирательных участков усиленно охранялся полицейскими силами ООН и Индонезии, на них были допущены десятки международных наблюдателей. Накануне референдума практически на всей территории Восточного Тимора проходили кровавые стычки между сторонниками статус-кво и сепаратистами.