Самый крупный городской парк Гафури имеет площадь 420 га (включая лесопарк западного склона). В городе расположены два дендропарка — Непейцевский и имени Лесовода Георгия Рутто, и Южно-Уральский ботанический сад-институт. Памятниками градостроительства и архитектуры являются парки Ленина, Победы, Якутова и сады Аксакова (также — ландшафтный памятник) и Салавата Юлаева.
В лесопарках Уфы произрастает свыше 500 видов сосудистых растений, в том числе, вошедшие в Красную книгу Башкортостана — лазурник трёхлопастной, герань Роберта, чина Литвинова, короставник татарский, цицербита уральская, истод сибирский, вахта трёхлистная, лилия саранка и другие.
В 1833 в Голубиной слободе, на месте усадьбы Аксаковых, заложен первый общественный платный сад — Блохинcкий (ныне — сад Аксакова).
В 1860, по инициативе попечительницы городского театра и сиротского приюта С. А. Аксаковой (жены первого уфимского губернатора Г. С. Аксакова), заложен первый общественный городской сад Уфы — Театральный, а в начале 1860-х заложен единственная пешеходная аллея классического типа — Софьюшкина, которая соединялась с Театральным садом.
В 1867, по предложению уфимского губернатора С. П. Ушакова, на главной городской Соборной площади заложен парк, впоследствии названный в его честь — Ушаковский (ныне — парк Ленина).
В 1873 на Случевской горе по решению Уфимской городской думы разбит сад с цветником, который повторно заложен в 1899 — Случевский (ныне — сад Салавата Юлаева).