Изначально создана в 1917 году, однако наибольшую известность получила в годы Второй мировой войны, когда действовала на стороне Нацистской Германии. Члены «Омакайтсе» занимались уничтожением евреев, сторонников советской власти (коммунистов), несли караульную и конвойную службу (в том числе в концлагерях), проводили облавы на партизан и окружённых советских военнослужащих. Численность членов организации, формировавшейся на добровольной основе, в 1943 году превысила 40 тысяч человек.
Изначально была создана в 1917 году после Октябрьской революции. Накануне оккупации Эстонии Германской империей отряды «Омакайтсе» захватили крупные города страны, позволив Комитету спасения Эстонии провозгласить независимость Эстонии. В то время девизом организации были слова «Взаимная защита и взаимопомощь» (эст. Vastastikune kaitse ja vastastikune abiandmine)[2]. Однако во время немецкой оккупации они были признаны вне закона. Только после ухода из Эстонии немецкой армии в конце 1918 года отряды «Омакайтсе» вышли из подполья и стали основой для создания «Кайтселийта»[3].
Вновь формирование «Омакайтсе» началось в июле 1941 года. Летом 1941 года в 13 уездных дружинах состояло более 20 тысяч вооружённых участников организации[4], к концу года в «Омакайтсе» добровольно вступило 43 757 человек[5]. В июле 1941 года добровольно вступил в «Омакайтсе» Айн-Эрвин Мере, который 8 декабря 1941 года был назначен на должность начальника политической полиции Эстонии и участвовал в создании лагеря смерти «Ягала»[6].
При отступлении советских войск Омакайтсе взял власть во многих местах Южной Эстонии. 10 июля в волости Отепяэ Омакайтсе контролировал город Отепяэ, также была освобождена Южная Тартумаа. После Тартуского парада 29 июля 1941 года немцы приказали отдать трофейное оружие, южно-эстонские отряды самообороны были расформированы. Вместо самообороны немцы планировали создать вспомогательные полицейские подразделения.
Ещё до 6 июля члены Омакайтсе на юге Эстонии (Вырумаа, Валгамаа, Тартумаа, Вильяндимаа и Пярнумаа) начали арестовывать коммунистов, членов органов советской власти, советских активистов и деятелей, организовавших репрессии против населения в годы советской власти в 1940 −1941 гг, иногда расстреливая их по своим (полевым) судам. По мере продолжения наступления немецких войск в Северную Эстонию, Отряды самообороны были подчинены 207-й охранной дивизии, которая занималась тыловой охраной немецкого вермахта .