Провинция граничит на севере с провинцией Ла-Риоха, с Сан-Луис, на юго-востоке, с Мендосой на юге и с Чили на западе.
Провинция имеет две примечательные горные цепи: Анды на западе и Сьерра-де-Валле, относящаяся к Сьерра-Пампеана, на востоке. Самая высокая вершина — Мерседарьо (6770 м), одна из самых высоких гор Америки.
Растительность по большей части характерная для «монте» — поросшей кустарниками степи с небольшими пустынными районами. Важные реки — Рио-Саладо-дель-Оэсте, которую в провинции называют Рио-Бермехо и Рио-Дезагуадеро, река Хачал на севере и Сан-Хуан на юге.
Климат умеренный, с тёплым летом (средние температуры 22-27 ºС в зависимости от высоты местности) и прохладными зимами (6-10 ºС). На всей территории веет сухой горячий ветер сонда.
Количество осадков небольшое, преимущественно в летние месяцы, составляет около 100 мм на западе и 200 мм на востоке. Из-за сухости воздуха разница дневных и ночных температур составляет около 20 ºС.
Город Сан-Хуан-де-ла-Фронтера был основан Хуаном Жофреем Монтеса в 1562 году и был перенесён в 1593 году на 2 км к югу из-за частых наводнений реки Сан-Хуан.