Жан-Франсуа Сегье родился в Ниме 25 ноября 1703 года. Учился в иезуитском колледже в Ниме, затем поступил в Университет Монпелье. Там он учился ботанике у Пьера Бо и Эме-Франсуа Шикуано. В 1732 году он познакомился с маркизом Шипионе Маффеи, которого впоследствии сопровождал следующие 23 года. Сегье посетил Королевский сад целебных растений в Париже, в Нидерландах познакомился с Германом Бургаве. Они вместе путешествовали по Австрии и Италии. В 1740 году издал книгу «Bibliotheca botanica», часть текста которой была взята из изданной в 1657 году одноимённой работы Овидия Монтальбана, использовавшего псевдоним «Иоганн Антоний Бумальд». С 1745 по 1754 годы была опубликована трёхтомная работа «Plantae veronenses». Несмотря на то, что Сегье не придерживался биноминальной номенклатуры для названий видов, родовые названия, опубликованные в третьем томе работы, считаются действительными. В 1755 году, после смерти Шипьоне, Жан-Франсуа вернулся в Ним и стал заниматься в основном изучением археологии. Сегье скончался 1 сентября 1784 года.
Большая часть образцов растений, использованных Сегье для описания новых видов, хранится в Муниципальной библиотеке Сегье в Ниме.