Первый монастырь на Северо-Востоке России. В начале XX века на территории монастыря были расположены три храма, колокольня и каменные монашеские кельи[1]. В советское время был упразднён и разрушен. Вновь открыт в 2012 году и в настоящее время восстанавливается.
Монастырь был основан при Якутском остроге в 1640 году прибывшим из Вологды игуменом Нафанаилом, на пожертвования царя Михаила Фёдоровича. Первая монастырская церковь была освящена во имя преподобного Михаила Малеина[2].
Из-за частых переносов острога положение обители было непостоянным. Известно, что в 1663 году служилые люди Якутского острога «изволили быть в Якуцком остроге монастырю во имя Спаса» и избрали Ивана Афанасьевича Овчинникова в чёрные священники и строители монастыря. В 1663—1665 годах монастырь получил пожертвование от царя Алексея Михайловича, на которое была построена Спасская церковь.
Немногочисленная братия Спасского монастыря, кроме совершения служб и треб, занималась распространением азов православной веры и грамотности среди местного населения[2].
В 1735 году, по указанию епископа Иркутского Иннокентия (Неруновича), настоятелем Спасского монастыря архимандритом Нафанаилом была организована при монастыре первая в Якутии низшая школа для обучения грамотности местных детей, однако в 1747 году школа закрылась.
В 1764 году в ходе секуляризационной реформы, проводимой Екатериной II, монастырь был исключён из штата синодального ведомства и содержался только на пожертвования. В 1766—1769 годы пришлось ликвидировать монастырское хозяйство и продать рогатый скот.