Род внесён в Бархатную книгу[1]. При подаче документов (февраль 1682) для внесения рода в Бархатную книгу. была предоставлена родословная роспись Траханиотовых[2].
Происходит из Мореи. Дмитрий и Юрий Старый (ум. 1513) Мануиловичи Траханиотовы выехали (1472) в Москву в свите Софьи Палеолог; из них Юрий был послом великого князя к папе в Германию (1489) и в Данию (1510).
Сын Дмитрия, Юрий Малый (ум. 1518), был печатником, а сын его Василий Юрьевич (ум. 1568) — боярином.
О выезде родоначальников в родословной книге из собрания М. А. Оболенского записано: Род Траханиотовых. В лета 6981 (1473) к великому князю Ивану Васильевичу Грозному (одно из прозваний Ивана III Васильевича — Грозный) привезли невесту из Рима царевну Софию Фоминичну, дочь деспота Амарейского царя, а с ней приехали служить Дмитрий и Юрий Манойловы дети греки — а были у деспота в Аммории бояре и государь их пожаловал, велел им себе служить[3].
В XVII веке многие Траханиотовы были стольниками и воеводами. Род Траханиотовых пресёкся в последней четверти XVIII века.