Российская империя систематически осуществляла попытки ликвидации Брестской унии ещё во времена раздела Речи Посполитой в XIX веке. Советская власть, не скрывая своих намерений, возобновила эти попытки после присоединения Западной Украины и Западной Белоруссии (территорий, ранее входивших в состав Польши) к СССР в сентябре 1939 года.
Пропагандистское наступление против грекокатолической церкви начал журнал «Коммунист», который 9 октября 1939 года обвинил её структуры в сотрудничестве с «польской буржуазией» и в антисоветской агитации. В то же время было закрыто 20 грекокатолических изданий и начато изъятие религиозной литературы из библиотек и книжных магазинов. Были закрыты семинария и монастырский новициат. 22 октября 1939 избранное на псевдодемократических[источник не указан 268 дней] выборах Народное собрание Украины проголосовало за декрет о национализации всех грекокатолических строений, включая церкви и монастыри. Функционирование грекокатолических организаций было запрещено, а священники провозглашены «общественно непригодными» и обложены высокими налогами, до 15 тысяч рублей ежегодно. Митрополит лично вел переговоры с Н. С. Хрущёвым по поводу тех обременений, достигнув небольшого ослабления.
Митрополит Андрей Шептицкий издал 9 октября 1939 года пастырское письмо, в котором подчеркнул трудность новой ситуации для церкви и подчеркнул необходимость воспитания детей и молодежи в духе грекокатолической веры. Несколькими месяцами позже он обратился к священникам с просьбой не выступать открыто на стороне какой-либо из политических сил, чтобы избежать дальнейших репрессий. Шептицкий позволил также отправлять служение в частных домах и смягчил принципы отпущения для монахов на пребывание вне монастыря. Однако в действительности темп атеизации общества не отвечал чаяниям сталинской власти и склонил власти к повышению расходов на антирелигиозную кампанию, которая проводилась средствами связи, комсомолом и Союзом воинствующих безбожников. Увеличено было и давление на школы с требованием введения в программы атеистических предметов, а традиционные религиозные праздники были объявлены рабочими днями.