Предки усерган известны под названиями баджгард, баджгурд, басджирт или башхарт. Согласно шежере племени, родоначальниками племени являются Муйтен-бий и его сын Усерган.
Часть протестированных усерган, оказались принадлежащими гаплогруппам R1b (буре), N1a (сураш, аю) и I (аю), J2 (бишей, шишей, апанды, абаза)
В I тысячелетии н. э. в общем потоке кочевников усергане двинулись из Центральной Азии на запад, в Приаралье и присырдарьинские степи, затем на Кавказ и Нижнее Поволжье.
После распада приазовской Великой Болгарии в IX веке усергане мигрировали на север, в Поволжье и Предуралье, где расселились в бассекне рек Ик и Дёма, на Бугульминско-Белебеевской возвышенности.
Под натиском татаро-монголов в XIII веке усерганы ушли в предгорья Южного Урала и обосновались в бассейнах рек Сакмара, Ик, Суран, Касмарка, Зилаир и Таналык.
На формирование усерганцев оказало влияние их пребывание в среде иранских, угорских и тюрко-печенежских племён Приаралья, в XI—XII вв. — булгар и в XIV—XV вв. — кипчаков. Племя входило в состав Союза семи башкирских племён.