Флот герцогства Курляндского и Семигальского берёт своё начало в 1638 году, когда курляндский герцог Фридрих Кетлер создает верфи в Виндаве (ныне Вентспилс) и в Гольдингене (ныне Кулдига). В Вентспилсе находилась более крупная верфь, и там строили более крупные корабли для герцогства, нежели в Кулдиге, где строили небольшие купеческие суда. Но на этих верфях корабли строились долго и в малом количестве — примерно один крупный и два малых корабля в год, так как в Курляндии тогда было очень мало специалистов по кораблестроению. Флот Курляндии к 1640 году насчитывал единицы военных и торговых кораблей весьма малых размеров и с плохим вооружением.
Толчок во всем кораблестроении и мореходстве Курляндии произошел во время правления герцога Якоба Кеттлера. При нём Вентспилсская верфь была улучшена и увеличена в несколько раз, модифицирована также и Кулдигская верфь, наняты на службу специалисты и корабельные мастера из Нидерландов. Обе верфи управлялись исключительно голландцами, а подмастерьями и подсобниками являлись немцы и латыши. Работа закипела во всех мастерских Вентспилса и Кулдиги. Теперь на каждой верфи одновременно могли строиться около 5 крупных судов. Для будущего флота герцог Якоб приказал построить множество пирсов, причалов и складских помещений, углубить дно и расширить гавани Вентспилса — будущего главного порта Курляндии и одного из главнейших портов Балтики. Уже через год после того, как были проведены эти реформы и изменения, молодой курляндский флот пополнился несколькими военными и торговыми судами. Пушки для этих судов доставлялись из многочисленных мануфактур герцога, так же как канаты и парусина. В 1677 году была основана третья государственная верфь в Либаве (ныне Лиепая), так как там обосновалось много торговцев и судовладельцев (чем и воспользовались герцог Якоб и кронпринц Фридрих-Казимир). А через некоторое время в Лиепае появилось несколько судовладельческих компаний.
К концу 1650-х годов у герцогства Курляндского имелось уже более сорока военных кораблей с вооружением 15-72 орудий и около 80 торговых судов крупных размеров, в основном флейтов, которые были взяты за основу курляндского торгового судостроения. Военным флотом руководил голландский адмирал Имке, а торговым флотом — Генрих Момбер. Военный флот Курляндии применялся в сопровождении торговых судов, охране колоний (Курляндия контролировала остров Тобаго и устье реки Гамбии) и в небольших сражениях с корсарами. Весь флот управлялся из Виндавского (Вентспилсского) адмиралтейства — самого старого в Прибалтике. За все время своего правления герцог Якоб построил 65 военных кораблей и 130 торговых, что было невероятно много для того времени, тем более для такого маленького государства.