Холмого́рский уе́зд — административная единица в составе Вологодского наместничества, Архангельского наместничества и Архангельской губернии, существовавшая до 1922 года. Центр — город Холмогоры.
Холмогорский уезд располагался вдоль течения Северной Двины. Граничил с Архангельским, Онежским, Шенкурским и Пинежским уездами. Поверхность уезда имела ровный характер, за исключением северной и северо-западной его частей, где встречались возвышенности; из последних наиболее значительные Бобровая, Каймозерская, Кругловодская. Почва уезда местами песчаная с мелким хрящом, местами глинистая, местами содержала небольшие слои чернозема, но в большинстве моховая и болотистая. Из полезных ископаемых встречались и разрабатывались плитник и известь, а также булыжник, песок и хорошая гончарная глина. Северная Двина на всем протяжении уезда была судоходна и богата рыбой. Озёр в уезде было 286, наибольшим из которых являлось Ковозеро (30 км²). Под лесами было занято до 60 % площади уезда; кое-где сохранялись и корабельные леса; главные породы — сосна, ель и местами лиственница, из лиственных — береза, осина, ольха, ива, рябина, черемуха, можжевельник. Было много заливных и других лугов[1]. Площадь уезда в конце XIX века была равна 16,8 тыс. км².
Холмогорский уезд был образован во время административной реформы Екатерины II в 1780 году, когда он был включён в состав Архангельской области Вологодского наместничества. В 1784 году Архангельская область была преобразована в самостоятельное Архангельское наместничество. В 1796 году Архангельское наместничество стало именоваться Архангельской губерний. В 1869 году в состав Холмогорского уезда была передана Петровская волость Шенкурского уезда.
В 1922 году центр уезда был перенесён в Емецк, а сам Холмогорский уезд был переименован в Емецкий уезд.