Село находится на реке Реут, в 48 километрах к юго-западу от Курска, в 10 километрах западнее районного центра — города Курчатов.
В селе Чапли умеренный (влажный) континентальный климат без сухого сезона с тёплым летом (Dfb в классификации Кёппена).
Чапли находится в 2 км от автодороги регионального значения 38К-017 (Курск — Льгов — Рыльск — граница с Украиной) и на автодороге межмуниципального значения 38Н-376 (38Н-017 — Чапли — Благодатное)[7], в 3 км от ближайшей ж/д станции Блохино[8] (линия Льгов I — Курск). Остановка общественного транспорта.