Эволюция лошадей хорошо прослеживается по ископаемым, которые показывают, как небольшое (высота в холке 20 см) лесное животное гиракотерий, обладавшее пальцами вместо копыт, за 50 миллионов лет превратилось в крупных копытных обитателей открытых пространств.
Считается, что первые лошади появились в Северной Америке, а потом после миграций распространились по Евразии и Южной Америке. В Евразию они, видимо, перебрались через сухопутный мост, существовавший на месте современного Берингова пролива. В процессе эволюции лошади становились крупнее, у них появились копыта, в результате эволюция дошла до появления современной лошади[1][2][3][4][5].
По данным генетиков, линия Equus, породившая всех современных лошадей, зебр и ослов, возникла около 4—4,5 млн лет назад[6].
Расцвет собственно лошадей начался во второй половине плиоцена (3-2,5 млн лет назад). Они заселили степи в Северной Америке, Евразии, Африке, а род Hippidion проник в Южную Америку[7].
В Северной Америке лошади вымерли несколько тысяч лет назад, прежде чем в ходе европейской колонизации в XVI веке снова были ввезены представители видов домашняя лошадь и осёл. Одичавшие популяции ввезённых лошадей стали известны как мустанги. Подобный процесс имел место также в Австралии, в которой до этого никогда не было представителей рода лошадей[2][8].
Эволюция лошадей началась в эоцене, около 55 миллионов лет назад. В то время существовал гиракотерий — предок всех нынешних лошадей, маленький зверёк с высотой в плечах всего 20 см, разжёвывавший своими мелкими зубами листья и фрукты. Жил в лесах. Гиракотерий нисколько не напоминал сегодняшних лошадей. У этого зверька были выгнутая спина, короткая шея и морда, короткие ноги и длинный хвост. Его походка напоминала собачью, но у него уже имелись маленькие копыта. Череп и объём мозга были относительно малые. Имел 18 пар рёбер. На передних лапах было по четыре пальца, на задних — по три. Каждый палец имел коготь или копытца. Зубы мелкие, с низкими коронками. Имел 3 резца, 1 клык, 4 премоляра и 3 моляра на каждой стороне верхней и нижней челюсти. Возможно, что спасаться от хищников ему помогал маскировочный окрас.