Родившийся в Брюсселе, в то время, когда Бельгия была под французским господством, Жозеф Декен осуществил свою деятельность исключительно в Париже.
В 1847 году он был избран членом Французской академии наук[1]. В 1865 году Жозеф Декен стал президентом Французской академии наук. В 1854 году он принимал участие в создании Ботанического общества Франции. 13 декабря 1877 года Жозеф Декен стал иностранным членом Лондонского королевского общества[2]. Иностранный член-корреспондент Петербургской академии наук (1876)[3].