Иоганн Самуэль Губер (нем. Johann Samuel Huber; 8 декабря 1778, Мальберг — 30 января 1858, Москва, Российская империя) — лютеранский пастор, глава Московской консистории Евангелическо-лютеранской церкви.
Родился 8 декабря 1778 года в Мальберге, близ Фрайбурга, в многодетной семье чиновника Великого герцогства Баденского Франца Йозефа Губера. Всего в трёх браках у Франца Йозефа было 27 детей: 18 сыновей и 9 дочерей. Иоганн был старшим из 13 детей от второго брака Ф. Й. Губера с Анной Марией Ференбах.
20 декабря Иоганн был крещён в католическую веру с присвоением второго имени Непомук в честь почитаемого католиками святого Яна Непомуцкого. В выписке из актов гражданского состояния (Familienbuch) Иоганн Непомук указан под номером 1355. В 1799 году он перешёл в лютеранство и заменил второе имя Непомук на Самуэль.
Первоначальное образование получил во францисканском монастыре. В 1802—1805 годах учился на Богословском факультете Университета Галле, в 1805—1807 годах изучал богословие в Базеле, где 31 марта 1807 года был ординирован в пасторы. В этом же году при содействии доктора теологии Г. Ф. Кнаппа получил вызывную грамоту из России и прибыл в Екатериненштадт по приглашению 22 реформатских семей города. Община объединяла 23 церкви, находившиеся на территории одного католического и трёх лютеранских приходов. Руководимый Губером приход Северный Екатериненштадт не имел ни кюстера, ни шульмейстера, ни школы. Поэтому пастор Губер особое внимание стал уделять молодёжи и прежде всего открыл в приходе школу для детей реформатов. В связи с недостатком духовной литературы Губер уже в первые годы пребывания в Поволжье создал типографию, а при содействии иезуитов и Британского Библейского общества распространял в колониях издания Библии и Нового Завета, впоследствии руководил работой по составлению песенника (Gesangbuch) для поволжских лютеран. В 1819—1820 годах во многом благодаря усилиям Губера лютеранские и реформатские общины Екатериненштадта объединились.
С 1819 года Губер — асессор Саратовской евангелическо-лютеранской консистории и одновременно в 1820—1822 годах — пастор прихода Мессер (Усть-Золиха, Правобережье Волги) и церкви Св. Марии в Саратове. С 1828 года, а после отъезда епископа И. Фесслера в Санкт-Петербург, стал вице-президентом Саратовской консистории. После принятия Устава евангелическо-лютеранской церкви Российской империи (1832) руководил работой первого Синода пасторов Право- и Левобережья Волги (1834).
В 1834 году, в связи с созданием Московской и Санкт-Петербургской консисторий Евангелическо-лютеранской церкви, высочайшим указом был утверждён духовным руководителем — генерал-суперинтендантом Московской консистории. Одновременно исполнял обязанности президента Реформатского заседания, пастора церкви Святого Михаила и собора Святых Петра и Павла в Москве, а в 1850—1851 годах — ещё и обязанности пастора в Твери.