Первый набор составил 40 учениц, принятых в I—IV классы. 1 января 1868 года в гимназии обучалось 143 ученицы различного вероисповедания и сословия, через год — уже 161. Штат гимназических преподавателей состоял из 29 человек.
Обучение было платным — 250 рублей в год для воспитанниц с пансионом, 200 рублей — полупансион (на 1910 год). Обучение иностранным языкам и танцам оплачивалось отдельно. С 1886 года существовала стипендия, учреждённая А. М. Лучшевой.
Первые средства на содержание гимназии поступали от Сибирского общественного банка, основанного предпринимателями Поповыми. Позже финансирование осуществлялось из местного бюджета.
Гимназия располагалась в доме В. Соколовой на уголу современного переулка Батенькова и набережной реки Ушайки (по другим сведениям[1] — в доме Ф. С. Пастуховой, Набережная реки Ушайки, д. 8). В последующие годы под классы гимназии отводились различные помещения в Томске, в 1897 году специально для гимназии была воздвигнута постройка по проекту П. Ф. Федоровского в Духовском переулке (ныне —Совпартшкольный переулок).
На рубеже XIX—XX веков в гимназии обучалось до 900 учеников. В начале XX века был открыт 8-й — педагогический класс (готовил педагогов начальной школы).
В 1918 году преобразована в городскую гимназию № 3, с 1920 года — средняя школа № 3. Действует по настоящее время.