Алексей Протоге́нович Попо́в (Попов 2-й; 14 (26) декабря 1831, Москва — 19 февраля (4 марта) 1909, Москва) — русский архитектор, реставратор и преподаватель. Автор ряда гражданских и церковных зданий в Москве.
Младший брат Александра Протогеновича Попова (Попова 1-го). В 1855 году окончил Московское дворцовое архитектурное училище (МДАУ) со званием архитекторского помощника. В 1855—1863 годах состоял на службе в Московской дворцовой конторе, в 1861 году получил звание архитектора Придворного ведомства. В 1863—1865 годах преподавал в МДАУ, в 1866—1907 годах — в Московском училище живописи, ваяния и зодчества. В 1867—1873 годах работал архитектором при Московской распорядительной думе, с 1873 года — участковым архитектором. В 1887—1902 годах состоял членом Строительного совета городской управы. Похоронен в Москве на Ваганьковском кладбище[1]; могила утрачена.