Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Apache Taverna
Taverna-wheel-logo.png
Дракон-workflow.png
Верстак Таверны
Разработчики)Фонд программного обеспечения Apache ( myGrid для 2.x)
Стабильный выпуск
3.1 / 1 июля 2016 г . ; 4 года назад ( 2016-07-01 )
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вЯва
Операционная системаLinux , Mac OS X , Microsoft Windows
ТипСистема научного документооборота
ЛицензияЛицензия Apache 2.0 ( LGPL для 2.x)
Интернет сайттаверна .incubator .apache .org

Apache Taverna - это программный инструмент с открытым исходным кодом для разработки и выполнения рабочих процессов , первоначально созданный проектом myGrid под названием Taverna Workbench , а теперь проект в инкубаторе Apache . Таверна позволяет пользователям интегрировать различные компоненты программного обеспечения, в том числе WSDL SOAP или REST веб - сервисов , таких как те , которые предусмотрены Национальным центром биотехнологической информации , в Европейском биоинформатики институте , тем данных ДНК Японии (DDBJ) , SoapLab, BioMOBY и EMBOSS. Набор доступных сервисов не ограничен, и пользователи могут импортировать описания новых сервисов в Taverna Workbench. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8]

Taverna Workbench предоставляет настольную среду разработки и механизм реализации для научных рабочих процессов. Механизм рабочего процесса Taverna также доступен отдельно, как Java API, инструмент командной строки или как сервер.

Таверна используется пользователями во многих областях, таких как биоинформатика , [9] [10] хемоинформатика , [11] медицина , астрономия , [12] обществоведение , музыка , и цифровое сохранение . [13]

Некоторые из сервисов для использования в рабочих процессах Taverna можно найти через BioCatalogue - общедоступный, централизованный и контролируемый реестр веб-сервисов Life Science. Рабочими процессами Taverna также можно поделиться с другими людьми через социальный веб- сайт myExperiment для ученых. [14] BioCatalogue и myExperiment - еще два продукта консорциума myGrid .

Taverna используется более чем 350 организациями по всему миру, как академическими, так и коммерческими. По состоянию на 2011 год Taverna скачали более 80 000 раз в разных версиях.

Возможности [ править ]

Рабочие процессы Taverna могут вызывать общие веб-службы SOAP / WSDL или REST , а также более конкретные веб-службы SADI, BioMart, BioMoby и SoapLab . Он также может вызывать статистические службы R , локальный код Java, внешние инструменты на локальных и удаленных машинах (через ssh ), выполнять XPath и другие операции с текстом, импортировать электронную таблицу и включать вспомогательные рабочие процессы.

Taverna Workbench включает возможность отслеживать выполнение рабочего процесса и проверять происхождение созданных данных, отображая детали выполнения рабочего процесса в виде графа происхождения RDF W3C PROV -O [15] в рамках структурированного пакета исследовательских объектов [16] ZIP- файл, содержащий входные и выходные данные, промежуточные значения и определение выполняемого рабочего процесса; вместе этот формат называется TavernaProv . [17]

Taverna включает в себя возможность поиска сервисов, описанных в биокаталоге, для вызова из рабочих процессов. Однако для включения в рабочие процессы не обязательно описывать службы в BioCatalogue, поскольку они могут быть добавлены из описания веб-службы WSDL или введены как шаблон REST URI .

Taverna также включает возможность поиска рабочих процессов в myExperiment . Taverna Workbench может загружать, изменять и запускать рабочие процессы, обнаруженные в myExperiment, а также загружать созданные рабочие процессы, чтобы делиться ими с другими, используя социальные аспекты myExperiment.

Рабочие процессы Taverna не нужно выполнять в Taverna Workbench. Рабочие процессы также могут выполняться:

  • командная строка инструмент исполнения
  • сервер удаленного выполнения, который позволяет запускать рабочие процессы Taverna на других машинах, в вычислительных сетях, облаках, с веб-страниц и порталов
  • онлайн-конструктор и активатор рабочего процесса OnlineHPC

Taverna позволяет конвейерную и потоковую передачу данных. [18] Это означает, что нижестоящие службы в рабочем процессе могут запускаться, как только будет получен первый элемент данных, не дожидаясь, пока весь список данных станет доступным из вышестоящих служб и итераций. По возможности службы Taverna выполняются параллельно, поскольку рабочие процессы Taverna в основном управляются данными, а не элементами управления. [19]

Заставка Taverna Workbench 2.1

Сообщество с открытым исходным кодом [ править ]

Taverna является проектом с открытым исходным кодом с 2003 года [20], в котором участвуют многие академические и отраслевые институты. В октябре 2014 года Taverna стала независимым проектом инкубатора Apache [21] и сменила название на Apache Taverna (инкубатор) . В рамках проекта разрабатывается Apache Taverna 3.x, [22] лицензия которого изменена с LGPL 2.1 на Apache License 2.0 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Apache Taverna в инкубаторе Apache
  • Домашняя страница Taverna (архив до Apache)

Ссылки [ править ]

  1. ^ Belhajjame К, Wolstencroft К, Corcho О, OINN Т, Р Тано, Уильям А, гоблены С (2008). «Управление метаданными в системе документооборота Taverna» . 2008 Восьмой Международный симпозиум IEEE по кластерной вычислительной и сети (CCGRID) . С. 651–656. DOI : 10,1109 / CCGRID.2008.17 .
  2. ^ Li P, Castrillo JI, Velarde G, Wassink I, Soiland-Reyes S, Owen S и др. (Август 2008 г.). «Выполнение статистического анализа количественных данных в рабочих процессах Taverna: пример использования R и maxdBrowse для идентификации дифференциально экспрессируемых генов из данных микрочипа» . BMC Bioinformatics . 9 : 334. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-334 . PMC 2528018 . PMID 18687127 .  
  3. ^ Оинн Т., Аддис М., Феррис Дж, Марвин Д., Сенгер М., Гринвуд М. и др. (Ноябрь 2004 г.). «Таверна: инструмент для создания и реализации рабочих процессов биоинформатики» . Биоинформатика . 20 (17): 3045–54. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bth361 . PMID 15201187 . 
  4. ^ Oinn T, Greenwood M, Addis M, Alpdemir MN, Ferris J, Glover K и др. (2006). «Таверна: уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF) . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 18 (10): 1067–1100. DOI : 10.1002 / cpe.993 .
  5. ^ Халл Д, Wolstencroft К, Стивенс Р , гоблены С , Покок МР, Ли Р, OINN Т (июль 2006 г.). «Таверна: инструмент для построения и управления рабочими процессами сервисов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W729-32. DOI : 10.1093 / NAR / gkl320 . PMC 1538887 . PMID 16845108 .  
  6. ^ Kawas E, Зенгер M, Уилкинсон MD (ноябрь 2006). «Расширения BioMoby для программного обеспечения для управления рабочим процессом Taverna и его внедрения» . BMC Bioinformatics . 7 : 523. DOI : 10,1186 / 1471-2105-7-523 . PMC 1693925 . PMID 17137515 .  
  7. ^ Sroka J, Kaczor G, J Тышкевич, Kierzek AM (май 2006). «XQTav: процессор XQuery для среды Taverna» . Биоинформатика . 22 (10): 1280–1. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl101 . PMID 16551662 . 
  8. ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S и др. (Июль 2013). «Пакет рабочих процессов Taverna: проектирование и выполнение рабочих процессов веб-служб на рабочем столе, в Интернете или в облаке» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (проблема с веб-сервером): W557-61. DOI : 10.1093 / NAR / gkt328 . PMC 3692062 . PMID 23640334 .  
  9. Перейти ↑ Stevens RD , Robinson AJ, Goble CA (2003). «myGrid: персонализированная биоинформатика в информационной сетке» . Биоинформатика . 19 Дополнение 1: i302-4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btg1041 . PMID 12855473 . 
  10. ^ Стивенс RD , Типни HJ, Wroe CJ, Oinn TM, Senger M, Lord PW, et al. (Август 2004 г.). «Изучение синдрома Вильямса-Бёрена с помощью myGrid» . Биоинформатика . 20 Приложение 1: i303-10. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bth944 . PMID 15262813 . 
  11. ^ Truszkowski A, Jayaseelan KV, Neumann S, Willighagen EL, Zielesny A, Steinbeck C (декабрь 2011 г.). «Новые разработки в открытой рабочей среде хеминформатики CDK-Taverna» . Журнал химинформатики . 3 : 54. DOI : 10,1186 / 1758-2946-3-54 . PMC 3292505 . PMID 22166170 .  
  12. ^ Крюк RN, Romaniello M, Ullgrén M, Järveläinen P, Maisala S, Oittinen T, et al. (2008). «ESO Reflex: графический рабочий процесс для выполнения рецептов». Семинар ESO по калибровке приборов 2007 года . Астрофизический симпозиум ESO Европейская южная обсерватория. С. 169–175. DOI : 10.1007 / 978-3-540-76963-7_23 . ISBN 978-3-540-76962-0.
  13. ^ Raditsch М, Schlarb S, Møldrup-Далум Р, Medjkoune л (2012). «Исполняемые рабочие процессы веб-содержимого для экспериментального выполнения» (PDF) .
  14. ^ Гоблены СА, Бхагат J, S Алексеев, Круикшэнк D, Михаелидес D, D Ньюмана и др. (Июль 2010 г.). «myExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами биоинформатики» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск веб-сервера): W677-82. DOI : 10.1093 / NAR / gkq429 . PMC 2896080 . PMID 20501605 .  
  15. ^ Belhajjame К, Чжао J, Garijo D, Гарридо А, Soiland-Рейес S, Alper Р, Corcho О (2013). «Рабочий процесс PROV-корпус на основе Taverna and Wings». Материалы совместных семинаров EDBT / ICDT 2013 по - EDBT '13 . п. 331. DOI : 10.1145 / 2457317.2457376 . ISBN 9781450315999.
  16. ^ Soiland-Рейес S, Гэмбл М, Хейнс R (2014-11-05). «Пакет исследовательских объектов 1.0» (Спецификация) . researchchobject.org . DOI : 10.5281 / zenodo.12586 . Проверено 28 января 2015 .
  17. ^ Soiland-Reyes S, P Alper, Гобл C (11 мая 2016). «Отслеживание выполнения рабочего процесса с TavernaProv» . PROV: Три года спустя. ProvenanceWeek 2016. DOI : 10,5281 / zenodo.51314 . Архивировано из оригинала 12 июня 2018 года . Проверено 17 октября 2018 года . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )CS1 maint: location ( ссылка )
  18. ^ «Неявная итерация» . По эксплуатации Sony Taverna 2.5 . myGrid. 2014-09-09 . Проверено 28 января 2015 .
  19. ^ Soiland-Reyes S (2010-12-13). «Вызовы параллельной службы» . Блог знаний таверны . knowledgeblog.org . Проверено 28 января 2015 .
  20. ^ Soiland-Reyes S, S суфий, Seaborne S (2014-09-23). "Предложение таверны" . Инкубатор вики . Фонд программного обеспечения Apache . Проверено 28 января 2015 .
  21. ^ "Статус инкубации проекта таверны" . Инкубатор Apache . Фонд программного обеспечения Apache . Проверено 28 января 2015 .
  22. ^ "Загрузить Apache Taverna" . Фонд программного обеспечения Apache . Проверено 28 января 2015 .