| Разработчики) | Бенджамин Ределингс |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 3.6.0 / 5 21 февраля |
| Написано в | C ++ |
| Операционная система | Windows , macOS , UNIX , Linux |
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | GPLv2 |
| Веб-сайт | bali-phy |
BAli-Phy - это бесплатное программное обеспечение для одновременной оценки множественного выравнивания последовательностей и его филогенетического дерева . BAli-Phy достигает высокой точности при оценке выравнивания за счет использования информации из совместно оцениваемой филогении. BAli-Phy принимает во внимание неопределенность выравнивания при оценке филогении путем усреднения возможных выравниваний. В отличие от большинства программ для вывода филогенеза, входные последовательности не нужно предварительно выравнивать. Это отличается от традиционных подходов к выравниванию и оценке филогении, которые сначала оценивают выравнивание без высококачественной оценки дерева, а затем оценивают дерево с учетом выравнивания.
BAli-Phy производит байесовское апостериорное распределение как для выравнивания, так и для дерева. Программное обеспечение показывает неопределенность как в выравнивании, так и в дереве. BAli-Phy использует для оценки методы цепей Маркова Монте-Карло . Запуск может занять несколько дней.
Неопределенность совмещения [ править ]
Неопределенность выравнивания проистекает из двух основных источников: почти оптимального выравнивания и неопределенности параметров эволюции. Эволюционные параметры включают длину ветвей, частоту замен, скорость вставки / делеции и саму филогению. Если точное значение этих параметров неизвестно, а оценка выравнивания чувствительна к параметру, то выравнивание не может быть известно с уверенностью.
Даже когда эволюционные параметры полностью известны, многие различные выравнивания могут быть оптимальными или почти оптимальными. В этом случае исследователь не может быть уверен в каком-либо единственном выравнивании, но должен усреднять облако почти оптимальных выравниваний.
BAli-Phy может обрабатывать как близкую к оптимальной неопределенность выравнивания, так и неопределенность эволюционного параметра, интегрируя возможные выравнивания и значения параметров.
Ввод и вывод [ править ]
BAli-Phy принимает последовательности нуклеотидов , аминокислот и кодонов в формате FASTA . Входные последовательности не нужно выравнивать. Поддерживаются неоднозначные нуклеотиды, такие как R и Y, а также неоднозначные аминокислоты B, Z и J.
Деревья выводятся в формате Ньюика . Выравнивания выводятся в формате FASTA. Выходные выравнивания включают информацию о гомологии для последовательностей во внутренних узлах дерева.
См. Также [ править ]
Внешние ссылки [ править ]
