Brian - это пакет Python с открытым исходным кодом для моделирования сетей нейронов с импульсами.
Разработчики) | Ромен Бретт, Дэн Гудман, Марсель Стимберг |
---|---|
Стабильный выпуск | 2.4.2 / 28 октября 2020 г . [1] |
Репозиторий | |
Написано в | Python |
Операционная система | Кроссплатформенность |
Тип | Программное обеспечение нейронной сети |
Лицензия | CeCILL |
Веб-сайт | www |
Подробности
Брайан нацелен на исследователей, разрабатывающих модели, основанные на сетях нервных импульсов . Общий дизайн нацелен на максимальную гибкость, простоту и время разработки для пользователей. [2] Пользователи определяют модели нейронов, задавая свои дифференциальные уравнения в стандартной математической форме в виде строк, создают группы нейронов и соединяют их через синапсы. Это контрастирует с подходом, используемым многими нейронными симуляторами, в которых пользователи выбирают из предопределенного набора моделей нейронов.
Брайан написан на Python. В вычислительном отношении он основан на концепции генерации кода: пользователи указывают модель на Python, но за кулисами Брайан генерирует, компилирует и запускает код на одном из нескольких языков (включая Python, Cython и C ++). Кроме того, существует «автономный» режим, в котором Брайан генерирует все дерево исходного кода C ++ без зависимости от Брайана, что позволяет запускать модели на платформах, где недоступен Python.
Пример
Следующий код определяет, запускает и строит произвольно связанную сеть протекающих интегрирующих и возбуждающих нейронов с экспоненциальными тормозными и возбуждающими токами.
из импорта brian2 * eqs = "" " dv / dt = (ge + gi- (v + 49 * mV)) / (20 * ms): volt dge / dt = -ge / (5 * ms): volt dgi / dt = -gi / (10 * мс): вольт ""» Р = NeuronGroup ( 4000 , уравнения , порог = "v> -50 мВ *" , сброс = "" v = -60 * мВ ) P . v = - 60 * мВ Pe = P [: 3200 ] Pi = P [ 3200 :] Ce = синапсы ( Pe , P , on_pre = "ge + = 1,62 * мВ" ) Ce . connect ( p = 0,02 ) Ci = Synapses ( Pi , P , on_pre = "gi- = 9 * mV" ) Ci . Connect ( р = 0,02 ) М = SpikeMonitor ( Р ) выполнения ( 1 * второй ) участок ( М . т / мс , М . я , "" ) шоу ()
Сравнение с другими симуляторами
Брайан в первую очередь, хотя и не исключительно, нацелен на модели нейронов с одним отделением. Симуляторы, ориентированные на мультикомпонентные модели, включают Neuron , GENESIS и его производные.
Брайан делает упор на гибкость и простоту использования и поддерживает моделирование только на одной машине. NEST тренажер включает в себя средства для распространения моделирования на кластере. [3]
Сноски
- ^ "Релизы · brian-team / brian2" . github.com . Проверено 28 марта 2021 .
- ^ Гудман и Бретт 2009
- ^ «НЕСТ Инициатива» .
Рекомендации
- Гудман, Д. и Бретт, Р. (2008). «Брайан: симулятор для наращивания нейронных сетей на Python» , Front. Нейроинформ. 2: 5. DOI : 10,3389 / neuro.11.005.2008PMID 19115011
- Гудман, DFM и Бретт, Р. (2009). «Симулятор Брайана» , Фронт. Neurosci. DOI : 10,3389 / neuro.01.026.2009