Carpediemonas - это род Metamonada , принадлежащий к группе Excavata . Этот организм представляет собой одноклеточный эукариот с жгутиками, который был впервые обнаружен в образцах субстрата с Большого Барьерного рифа . [2] Carpediemonas можно найти в анаэробных приливных отложениях, где они питаются бактериями. Особенностью этого вида является наличие кормовой борозды, характерной для раскопок. Как и большинство других metamonads, Carpediemonas не полагается на аэробной митохондрии для производства энергии. Вместо этого он содержит гидрогеносомы , которые используются для производства АТФ. [3] У этого организма есть два жгутика: [3] задний, используемый для питания субстратом, и передний, который движется медленными размашистыми движениями. [2] Карпедиемонас относится к блудодеям, где подобные организмы , похожие на Карпедиемонас , используются для исследования эволюции в раскопках. [4] Хотя Карпедиемонас является членом метамонад, он необычен в том смысле, что он свободноживущий и имеет три базальных тела. [5]
Карпедиемонас | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
(без рейтинга): | |
Тип: | |
Подтип: | |
Суперкласс: | Карпедиемонадия |
Класс: | Carpediemonadea |
Заказ: | Carpediemonadida |
Род: | Карпедиемонас Экебом, Паттерсон и Вёрс, 1996 г. [1] |
Разновидность | |
Carpediemonas bialata |
Этимология
Название Carpediemonas происходит от трех латинских корней: carpe означает «схватить», die означает «день», а суффикс monas означает одноклеточный организм. Организм был назван в честь carpe diem, что означает «ловить день», в честь недавно умершей жены одного из авторов. [6]
История знаний
Carpediemonas был впервые обнаружен Ларсеном и Паттерсоном (1990), которые идентифицировали его как ранее не идентифицированную Percolomonas и дали название Percolomonasmbranifera . Ларсен и Паттерсон рассматривали этот организм как гетеролобоз, поскольку иногда он имел четыре жгутика и имел продольную бороздку. Однако у них не было никаких доказательств того, что у неделящихся организмов было более двух жгутиков. Этот вид также содержал мешочек с нитями, которые трудно отличить от жгутиков. Ekebom et al. (1996) затем переименовали этот организм в Carpediemonas, когда он был обнаружен в образцах субстрата на Большом Барьерном рифе, и классифицировали его как метамонад. [2] Кроме того, у Carpediemonas frisia была обнаружена метаболическая связь Carpediemonas с прокариотическими сообществами . Было обнаружено, что C. frisia выделяет биомолекулы, которые были предварительно переварены. Сообщества прокариот будут полагаться на C. frisia для не полностью переваренного органического материала и окисления различных биомолекул. С другой стороны, C. frisia полагается на прокариотический организм, Deltaproteobacteria, за свою активность по окислению водорода. [7]
Среда обитания и экология
Carpediemonas можно найти в анаэробных приливных отложениях, где он питается бактериями. [3] Он может сосуществовать с Cafeteria marsupialis в этих анаэробных средах. [2]
Описание организма
Ekebom et al. (1996) описывает Carpediemonas как организмы размером примерно 5 мкм в длину (с диапазоном 4-7,5 мкм). Carpediemonas имеет продольное углубление, охватывающее почти всю вентральную сторону клетки. Он часто имеет два неравных жгутика, прикрепленных к передней стороне брюшной борозды, но иногда может иметь три или четыре жгутика. Акронематический задний жгутик используется для питания и прикрепления к субстрату, в то время как передний жгутик бьется менее быстро и с медленными размашистыми движениями. [2] Дальнейшие исследования Simpson и Patterson (1999) более подробно рассматривают жгутики и описывают жгутиковый аппарат как имеющий третье, бесплодное базальное тело. Поддерживает дорсальную сторону клетки веер из микротрубочек с корнем микротрубочек на переднем конце. На вентральной стороне микротрубочки, отходящие от разных корней жгутиков, поддерживают вентральную бороздку. Передний жгутик с аксонемой 9 + 2. Симпсон и Паттерсон описали, что в дополнение к аксонеме «9 + 2» задний жгутик также имеет «три излучающие пластинки электронно-плотного материала, которые образуют центральные компоненты лопаток». Первая пластинка возникает после прикрепления жгутика и направлена вентрально. Вторая пластина берет начало напротив первой ламели. Третья пластинка поддерживает третью лопатку, которая расположена дистальнее и расположена перпендикулярно двум другим лопаткам или ламелям. Все три ламеллы имеют бороздки, если смотреть в продольном разрезе, и эти бороздки перпендикулярны аксонеме «9 + 2». Carpediemonas содержит одно яйцевидное ядро, расположенное в передней части клетки. Ядрышко также можно найти субцентрально внутри ядра. У Carpediemonas также нет митохондрий, что типично для метамонад. Вместо этого у него есть гидрогеносомы, вероятно, происходящие из анаэробных митохондрий. Он также содержит единственную диктиосому Гольджи, расположенную спереди, дорсально и слева от жгутикового аппарата. [3] Эндоплазматический ретикулум у этого рода в основном находится вблизи периферии клетки. Вокруг цитоплазмы можно обнаружить пищевые вакуоли, содержащие бактериальное содержимое. [3] Кроме того, три центриоли присутствуют в Карпедиемонасе . [8]
Таксономия
Карпедиемонас классифицируется как раскоп, потому что он имеет характерную для этой группы питательную канавку. В раскопках Карпедиемонас отнесен к блудодеям. У блудников организмы , подобные Carpediemonas (CLO), позволили лучше понять эволюцию анаэробных раскопок, изучив их особенности цитоскелета и модифицированные митохондрии. Пример Carpediemonas -как организма , который использовался для изучения эволюционной истории в пределах выкапывает является Kipferlia bialata . [4] Согласно недавнему исследованию [9], этот организм способен к репликации без некоторых ключевых белков для репликации ДНК (см. Ниже).
Репликация ДНК, сегрегация хромосом и пол
Недавнее исследование с использованием сравнительной геномики [10] показал обширную потерю репликации ДНК и разделение белковых дополнений в пределах Metamonada и отметил , что геномы C. membranifera и C. Frisia даже еще меньше. В этих геномах отсутствуют белки репликации ДНК комплекса распознавания ориджина (ORC), Cdc6, некоторых компонентов комплекса GINS и некоторых субъединиц полимераз дельта и эпсилон, а также большинства структурных субъединиц кинетохор, комплекса отслеживания плюс-конец микротрубочек и всего остального. субъединицы комплекса Ndc80, участвующие в сегрегации хромосом. ORC и Cdc6 являются белками, отвечающими за инициацию и лицензирование репликации у эукариот, и их отсутствие, по-видимому, указывает на существование нестандартного и еще не описанного механизма запуска репликации. Отсутствие сложных белков Ndc80 также указывает на то, что может иметь место нестандартный механизм прикрепления хромосом к микротрубочкам для сегрегации хромосом. Carpediemonas - первый известный эукариот, обладающий такими радикально измененными механизмами репликации и сегрегации ДНК. Поскольку Carpediemonas размножается, очевидно, что они реплицируют свою ДНК, и исследователи предложили гипотезу о том, как начинается репликация. Эта гипотеза использует элементы процессов, наблюдаемых у других видов, но принимает во внимание специфические белковые комплементы, обнаруженные у Carpediemonas . Вкратце: предполагается, что репликация происходит с помощью Dmc1-зависимого механизма гомологичной рекомбинации, который не требует источников репликации и опосредуется гибридами РНК: ДНК. Эта гипотеза еще нуждается в экспериментальном подтверждении. Прямое половое или парасексуальное размножение у Метамонады не наблюдалось. Тем не менее, исследование подтверждает сохранение ключевых мейоза белков в группе с бонусной находкой , что Carpediemonas виды имеют гомологи из семейства tmcB и сперматозоиды конкретных субъединиц каналов, последний только ранее сообщались только в заднежгутиковом и три других протистах. Присутствие таких белков означает, что необходимы дальнейшие исследования, чтобы понять, имеет ли место секс, и действительно ли эти белки участвуют во время секса, и какова их роль. Короче говоря, карпедиемоны - интригующие микробные эукариоты.
Рекомендации
- ^ Дж. Экебом; DJ Паттерсон; Н. Вёрс (1996). «Гетеротрофные жгутиконосцы из отложений коралловых рифов (Большой Барьерный риф, Австралия)». Archiv für Protistenkunde . 146 (3–4): 251–272. DOI : 10.1016 / S0003-9365 (96) 80013-3 .
- ^ а б в г д Ekebom, J .; Паттерсон, диджей; Вёрс, Н. (1996). «Гетеротрофные жгутиконосцы из отложений коралловых рифов (Большой Барьерный риф, Австралия)». Archiv für Protistenkunde . 146 (3–4): 251–272. DOI : 10.1016 / s0003-9365 (96) 80013-3 . ISSN 0003-9365 .
- ^ а б в г д Симпсон, Аластер ГБ; Паттерсон, Дэвид Дж. (1999). «Ультраструктура Carpediemonasmbranifera (Eukaryota) со ссылкой на« гипотезу раскопок » ». Европейский журнал протистологии . 35 (4): 353–370. DOI : 10.1016 / s0932-4739 (99) 80044-3 . ISSN 0932-4739 .
- ^ а б Юбуки, Наоджи; Симпсон, Аластер ГБ; Леандер, Брайан С. (2013). «Комплексная ультраструктура Kipferlia bialata предоставляет доказательства эволюции характера внутри Fornicata (Excavata)». Протист . 164 (3): 423–439. DOI : 10.1016 / j.protis.2013.02.002 . ISSN 1434-4610 . PMID 23517666 .
- ^ "КАРПЕДИЕМОНАДА" . comenius.susqu.edu . Проверено 22 апреля 2019 .
- ^ «Таксономия - пришла из пруда» . Проверено 22 апреля 2019 .
- ^ Хаманн, Эммо; Тегетмейер, Халина Е; Ридель, Дитмар; Литтманн, Стен; Ахмеркамп, Серен; Чен, Цзяньвэй; Hach, Philipp F; Строус, Марк (2017-02-17). «Синтрофная связь между хищными Carpediemonas и конкретными популяциями прокариот» . Журнал ISME . 11 (5): 1205–1217. DOI : 10.1038 / ismej.2016.197 . ISSN 1751-7362 . PMC 5437931 . PMID 28211847 .
- ^ Кавальер-Смит, Т. (01.11.2003). «Выявленные при раскопках простейшие типы Metamonada Grasse emend. (Anaeromonadea, Parabasalia, Carpediemonas, Eopharyngia) и Loukozoa emend. (Jakobea, Malawimonas): их эволюционное родство и новые высшие таксоны» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1741–1758. DOI : 10.1099 / ijs.0.02548-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 14657102 .
- ^ https://www.newscientist.com/article/2272080-microbe-somehow-survives-without-the-proteins-for-replicating-its-dna/
- ^ https://doi.org/10.1101/2021.03.14.435266