Caryophanaceae — семейство грамположительных бактерий . _ _ В 2020 году ныне несуществующее семейство Planococcaceae было объединено с Caryophanaceae , чтобы исправить номенклатурную аномалию. [1] Типовой род этого семейства — Caryophanon . [2]
Семейство Planococcacae было официально опубликовано в 1949 году, однако оно содержало в себе еще один таксономический ранг уровня семейства, семейство Caryophanaceae, которое было действительно опубликовано в 1939 году . [3] Согласно Международному кодексу номенклатуры прокариот (ICNP) , название Caryophanacaeae имеет более высокий приоритет, чем Planococcaceae, из-за более ранней публикации. [3] Таким образом, измененное семейство сохранило название Caryophanaceae .
Название Caryophanaceae происходит от латинского термина Caryophanon , обозначающего типовой род семейства, и суффикса «-aceae», окончания, используемого для обозначения семейства. Вместе Caryophanaceae относится к семейству, номенклатурным типом которого является род Caryophanon . [1]
Клетки представителей семейства Caryophanaceae могут представлять собой кокки или палочки, иногда образующие нити или трихомы. Большинство видов являются строго аэробными гетеротрофами, хотя некоторые из них также являются факультативно аэробами. Клетки обычно подвижны за счет жгутиков или скольжения и могут образовывать или не образовывать эндоспоры. Большинство видов являются каталазо-положительными и оксидазо-положительными или отрицательными. [1]
Анализ последовательностей генома видов Caryophanaceae выявил 13 консервативных сигнатурных инделей (CSI), которые уникально присутствуют в этом семействе в белках субъединицы альфа фенилаланин-тРНК-лигазы , шаперонине GroEL, факторе созревания рибосом RimP, бациллиредоксине семейства BrxA/BrxB, РНК-метилтрансферазе, ромбовидном внутримембранная сериновая протеаза семейства, АТФ-зависимая Clp -протеаза, АТФ-связывающая субъединица, бета-субъединица ДНК-направленной РНК-полимеразы , хоризматсинтаза , белок А споруляции стадии IV, пептидаза , белок активации сигнального пути KinB и белок, содержащий домен DUF423. [1]Эти CSI служат надежным молекулярным средством отделения представителей Caryophanaceae от других семейств отряда Caryophanales и других бактерий.
Помимо номенклатурной аномалии, Caryophanaceae также охватывал более 100 видов, которые имели различные морфологические / биохимические характеристики, что свидетельствует о том, что они филогенетически не связаны между собой. [4] Первоначальное отнесение видов к семейству Caryophanaceae в значительной степени основывалось на анализе последовательности генома 16S рРНК, который, как известно, имеет низкую дискриминационную способность и результаты которого зависят от используемого алгоритма и информации об организме. Несмотря на это, анализы по-прежнему демонстрировали полифилетическое ветвление, что указывает на наличие отдельных подгрупп внутри семейства. [4]