Отношение конформация-активность - это связь между биологической активностью и химической структурой или конформационными изменениями биомолекулы. Эта терминология подчеркивает важность динамических конформационных изменений для биологической функции, а не важность статической трехмерной структуры, используемой при анализе взаимосвязей структура-активность . [1]
Конформационные изменения обычно происходят во время межмолекулярной ассоциации , такие как взаимодействие белок-белок или связывание белок-лиганд . Партнер по связыванию изменяет конформацию биомолекулы (например, белка), чтобы включить или отключить ее биохимическую активность.
Методы анализа взаимосвязи конформационной активности варьируются от in silico [2] или с использованием экспериментальных методов, таких как рентгеновская кристаллография и ЯМР, где конформация до и после активности может быть сравнена статически или с использованием динамических методов, таких как многопараметрический поверхностный плазмонный резонанс , двухполяризационная интерферометрия или круговой дихроизм, где кинетика, а также степень конформационных изменений могут быть определены количественно.
Экспериментальные методы
Статический
Статические экспериментальные методы включают рентгеновскую кристаллографию и ЯМР .
Динамический
Динамические экспериментальные методы включают многопараметрический поверхностный плазмонный резонанс , интерферометрию с двойной поляризацией и круговой дихроизм .
Рекомендации
- ^ Тейлор, RE; Чен, Y; Битти, А; Майлз, округ Колумбия; Чжоу, Y (2003). «Связь конформация-активность в поликетидных натуральных продуктах: новый взгляд на рациональный дизайн аналогов эпотилона». Журнал Американского химического общества . 125 (1): 26–7. DOI : 10.1021 / ja028196l . PMID 12515494 .
- ^ Каротенуто, Альфонсо; Д'урси, Анна Мария; Мулиначчи, Барбара; Паолини, Илария; Лолли, Франческо; Папини, Анна Мария; Новеллино, Этторе; Роверо, Паоло (2006). «Связь конформации-активности сконструированных гликопептидов в качестве синтетических зондов для обнаружения аутоантител, биомаркеров рассеянного склероза». Журнал медицинской химии . 49 (17): 5072–9. DOI : 10.1021 / jm060117j . PMID 16913697 .