Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

ДНКазы-сл ( ДНКазы I открытого хроматина секвенирование) представляет собой метод , в области молекулярной биологии , используемый для идентификации местоположения регуляторных областей, на основе генома последовательности областей , чувствительных к расщеплению ДНКазы I . [1] [2] [3] FAIRE-Seq является преемником DNase-seq для полногеномной идентификации доступных участков ДНК в геноме. Оба протокола для идентификации открытых участков хроматина имеют смещения, зависящие от основной структуры нуклеосом. Например, FAIRE-seq обеспечивает большее количество тегов в непромоторных областях. [4]С другой стороны, сигнал ДНКазы-seq выше в промоторных областях, и было показано, что ДНКаза-seq имеет лучшую чувствительность, чем FAIRE-seq, даже в непромоторных областях. [4]

Footprinting DNase-seq [ править ]

DNase-seq требует некоторого последующего биоинформатического анализа, чтобы получить отпечатки ДНК всего генома . Предлагаемые вычислительные инструменты можно разделить на два класса: подходы, основанные на сегментации и ориентированные на сайт. Методы, основанные на сегментации, основаны на применении скрытых марковских моделей или методов скользящего окна для сегментации генома на открытую / закрытую область хроматина. Примеры таких методов: HINT, [5] метод Бойля [6] и метод Нефа. [7] Сайт-центрические методы, с другой стороны, находят следы с учетом открытого профиля хроматина вокруг предполагаемых мотивом сайтов связывания, то есть регуляторных областей, прогнозируемых с использованием информации о последовательности ДНК-белка (закодированной в таких структурах, какМатрица весов положения ). Примерами этих методов являются CENTIPEDE [8] и метод Куэльяра-Партиды. [9]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Бойл, AP; Дэвис С; Шульха ХП; Meltzer P; Маргулис EH; Weng Z; Фьюри Т.С.; Кроуфорд GE (2008). «Картирование с высоким разрешением и характеристика открытого хроматина в геноме» . Cell . 132 (2): 311–22. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.12.014 . PMC  2669738 . PMID  18243105 .
  2. ^ Crawford, GE; Холт, И. Е.; Уиттл, Дж; Webb, BD; Тай, Д; Дэвис, S; Маргулис, EH; Чен, Y; Bernat, JA; Гинзбург, Д; Чжоу, D; Луо, S; Vasicek, TJ; Дейли, MJ; Вольфсберг, Т.Г.; Коллинз, Ф. С. (январь 2006 г.). «Полногеномное картирование сайтов гиперчувствительности к ДНКазам с использованием массового параллельного секвенирования сигнатур (MPSS)» . Геномные исследования . 16 (1): 230. DOI : 10,1101 / gr.4074106 . PMC 1356136 . PMID 16344561 .  
  3. ^ Мадригал, P; Краевский, П. (октябрь 2012 г.). «Современные биоинформатические подходы к идентификации сайтов гиперчувствительности к ДНКазе I и геномных следов из данных ДНКазы-seq» . Фронт Жене . 3 : 230. DOI : 10,3389 / fgene.2012.00230 . PMC 3484326 . PMID 23118738 .  
  4. ^ а б Прабхакар С., Вибхор Кумар; Rayan NA; Kraus P; Луфкин Т; Ng HH (июль 2013 г.). «Единая оптимальная обработка отображаемых данных глубокого секвенирования» . Природа Биотехнологии . 31 (7): 615–22. DOI : 10.1038 / nbt.2596 . PMID 23770639 . 
  5. ^ Gusmao, EG; Дитрих, К; Зенке, М; Коста, IG (август 2014 г.). «Обнаружение активных сайтов связывания транскрипционного фактора с комбинацией гиперчувствительности к ДНКазе и модификаций гистонов» . Биоинформатика . 30 (22): 3143–51. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btu519 . PMID 25086003 . 
  6. ^ Бойл, AP; и другие. (Март 2011 г.). «Всесторонний анализ генома in vivo с высоким разрешением различных факторов транскрипции в клетках человека» . Геномные исследования . 21 (3): 456–464. DOI : 10.1101 / gr.112656.110 . PMC 3044859 . PMID 21106903 .  
  7. ^ Неф, S; и другие. (Сентябрь 2012 г.). «Обширный человеческий регуляторный лексикон, закодированный в следах транскрипционных факторов» . Природа . 489 (7414): 83–90. DOI : 10.1038 / nature11212 . PMC 3736582 . PMID 22955618 .  
  8. ^ Пике-Реджи, R; и другие. (Март 2011 г.). «Точный вывод о связывании фактора транскрипции из данных о последовательности ДНК и доступности хроматина» . Геномные исследования . 21 (3): 447–455. DOI : 10.1101 / gr.112623.110 . PMC 3044858 . PMID 21106904 .  
  9. ^ Куэльяр-Партида, G; и другие. (Январь 2012 г.). «Эпигенетические приоры для определения сайтов связывания активных транскрипционных факторов» . Биоинформатика . 28 (1): 56–62. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr614 . PMC 3244768 . PMID 22072382 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Анализ футпринтинга ДНКазы I данных ДНКазы-seq в R / Bioconductor
  • СОВЕТ  : Учебное пособие по обнаружению следов ДНКазы с помощью ПОДСКАЗКИ.
  • CENTIPEDE Веб-сайт