В рентгеновской кристаллографии , а карта разницы плотность показана пространственное распределение разности между измеренной плотностью электронов кристалла и плотностью электронов объясняются текущей моделью. [1]
Эти коэффициенты выводятся из градиента функции правдоподобия наблюдаемых структурных факторов на основе текущей модели.
Отображать
Обычно они отображаются в виде изоповерхностей с положительной плотностью - электронной плотностью, где в модели нет ничего, обычно соответствующей какой-либо составляющей кристалла, которая не была смоделирована, например лиганду или адъютанту кристаллизации - зеленым и отрицательным плотность - части модели, не подкрепленные электронной плотностью, что указывает либо на то, что атом был разупорядочен из-за радиационного повреждения, либо на то, что он смоделирован не в том месте - красным.
Расчет
Карты разностной плотности обычно рассчитываются с использованием коэффициентов Фурье, которые представляют собой разности между наблюдаемыми амплитудами структурных факторов из эксперимента по дифракции рентгеновских лучей и рассчитанными амплитудами структурных факторов из текущей модели с использованием фазы из модели для обоих членов (поскольку фазы отсутствуют доступны для наблюдаемых данных). Два набора структурных факторов должны быть в одном масштабе. Теперь нормально также включать весовые коэффициенты, которые учитывают предполагаемые ошибки в текущей модели:
где m - добротность, которая представляет собой оценку косинуса ошибки по фазе, а D - масштабный коэффициент.
Рекомендации
- ^ Банк, RCSB Protein Data. «RCSB PDB: карты электронной плотности в рентгеновских лучах» . www.rcsb.org . Проверено 8 января 2021 .