Аспирантура Университета Восточной Каролины состоит из 69 программ магистратуры, 41 сертификата и 18 докторских программ. Он координирует предложения выпускников всех факультетов семи колледжей и двух школ. Школа также реализует непрофессиональные программы профессиональной медицинской школы.