Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
EMDataBank.org
Содержание
ОписаниеЕдиный ресурс данных для CryoEM .
Контакт
Исследовательский центрЕвропейский институт биоинформатики (сайт в Великобритании) И Университет Рутгерса (сайт в США)
ЛабораторияPDBe и RCSB PDB
Первичное цитированиеЛоусон и др. (2011) [1]
Дата выпуска2002 г.
Доступ
Веб-сайтemdatabank .org

ЭМ банк данных или электронная микроскопия банка данных ( EMDB ) собирает 3D EM карты и связанные с ними экспериментальные данные определяют с помощью электронной микроскопии биологических образцов. Она была создана в 2002 году на MSD / PDBe группы Европейского института биоинформатики (EBI) , где европейский сайт консорциума EMDataBank.org находится. По состоянию на 2015 год ресурс содержал более 2600 записей со средним разрешением 15Å. [2]

Осаждение данных было первоначально через интерфейс осаждения EMdep, но с 2016 года осаждения данных было включено в wwPDB интерфейс OneDep [3]

В рамках Единого ресурса данных NIH для криоЭМ , Исследовательское сотрудничество в области структурной биологии (RCSB) также действует как центр депонирования, обработки и распределения данных EMDB, в то время как Национальный центр макромолекулярной визуализации (NCMI) является партнером по сотрудничеству в предоставлении услуг. и инструменты, касающиеся EMDB.

EM Data Bank также предоставляет инструмент поиска EMsearch , и данные также можно запрашивать в RCSB , EMBL-EBI и PDBj [1] .

EMDB - это архив трехмерных карт плотности всех типов биологических ансамблей, включая рибосомы, шапероны, полимеразы, многофункциональные ферменты и вирусы. Viper EMDB в Scripps - это отдельная база данных для трехмерных электронных карт вирусов.

Для сравнения и оценки методов нового поколения структур с более высоким разрешением (лучше 5 Å) в EMDB были проведены первые испытания CryoEM Map Challenge и CryoEM Model Challenge, о которых сообщается в специальном выпуске Journal of Structural Biology. [2]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Лоусон, Кэтрин L; Бейкер, Мэтью Л; Бест, Кристоф; и другие. (Январь 2011 г.). «EMDataBank.org: единый ресурс данных для CryoEM» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (приложение 1): D456-464. DOI : 10.1093 / NAR / gkq880 . PMC  3013769 . PMID  20935055 .
  2. ^ Эскивель-Родригес, J; Xiong, Y; Хан, X; и другие. (30 мая 2015 г.). «Навигация по трехмерным электронно-микроскопическим картам с помощью EM-SURFER» . BMC Bioinform. 16 (181). DOI : 10,1186 / s12859-015-0580-6 . PMC 4448178 . PMID 26025554 .   
  3. ^ Янг, JY; Вестбрук, JD; Feng, Z; Sala, R; Peisach, E; Oldfield, TJ; Сен, S; Гутманас, А; Армстронг, Д.Р .; Беррисфорд, JM; Чен, L; Чен, М; Ди Костанцо, L; Димитропулос, Д; Gao, G; Ghosh, S; Гор, S; Guranovic, V; Хендрикс, премьер-министр; Hudson, BP; Igarashi, R; Икегава, Y; Кобаяши, N; Лоусон, CL; Лян, Y; Mading, S; Мак, Л; Мир, МС; Mukhopadhyay, A; Патвардхан, А; Персикова, я; Ринальди, L; Санс-Гарсия, Восточная; Сехаран, MR; Shao, C; Swaminathan, GJ; Тан, L; Ульрих, EL; ван Гинкель, G; Yamashita, R; Ян, H; Журавлева М.А. Кесада, М; Kleywegt, GJ; Берман, HM; Маркли, JL; Накамура, Н; Веланкар, S; Берли, СК. «OneDep: Единая система wwPDB для осаждения, биокументации и проверки макромолекулярных структур в архиве PDB» . Структура . 25: 536–545. DOI : 10.1016 / j.str.2017.01.004 . PMC  5360273 . PMID  28190782 .
  • Тагари, Мохамед; Ньюман, Ричард; Чагойен, Моника; Карасо, Хосе-Мария; Хенрик, Ким (2002). «Новая база данных электронной микроскопии и система осаждения». Направления биохимических наук . 27 (11): 589. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (02) 02176-х . PMID  12417136 .
  • Фуллер, Стивен Д. (2003). «Депонирование электронных микроскопических карт». Структура . 11 (1): 11–12. DOI : 10.1016 / s0969-2126 (02) 00942-5 . PMID  12517335 .
  • Хенрик, К; Newman, R; Тагари, М; Чагойенб М. (2003). «EMDep: веб-система для осаждения и проверки информации о структуре макромолекул с помощью электронной микроскопии с высоким разрешением». Журнал структурной биологии . 144 (1-2): 228-237. DOI : 10.1016 / j.jsb.2003.09.009 . PMID  14643225 .
  • Хейманн, Дж. Бернар; Чагойен, Моника; Белнап, Дэвид М. (2005). «Общие соглашения для обмена и архивирования информации трехмерной электронной микроскопии в структурной биологии». Журнал структурной биологии . 151 (2): 196–207. DOI : 10.1016 / j.jsb.2005.06.001 . PMID  16043364 .
  • Тагари, М .; Tate, J .; Swaminathan, GJ; и другие. (2006). «E-MSD: улучшение размещения данных и качества структуры» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): 287–290. DOI : 10.1093 / NAR / gkj163 . PMC  1347525 . PMID  16381867 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Программные средства для молекулярной микроскопии
  • Банк данных EM
  • Страницы поиска в США и Великобритании
  • Страница поиска в Японии (EM-навигатор в PDBj)