Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Банк данных белков
Wwpdb-logo.png
Содержание
Описание
Доступ
Формат данныхммCIF , PDB
Интернет сайт

Worldwide Protein Data Bank , wwPDB, является организацией , которая ведет архив макромолекулярной структуры . Его миссия состоит в том, чтобы поддерживать единый архив банка данных белков макромолекулярных структурных данных, который является бесплатным и общедоступным для глобального сообщества. [1] [2]

В организации четыре члена: [3]

WwPDB была основана в 2003 году RCSB PDB (США), PDBe (Европа) и PDBj (Япония). В 2006 году BMRB (США) присоединился к wwPDB.

Сайт каждого члена может принимать структурные данные и обрабатывать данные. Обработанные данные отправляются «хранителю архива». RCSB PDB в настоящее время действует как «хранитель архива». Это гарантирует, что существует только одна версия данных, идентичная для всех пользователей. Затем измененная база данных становится доступной для других участников wwPDB, каждый из которых делает файлы итоговой структуры общедоступными через свои веб-сайты. (Доступ к данным с самого веб-сайта wwPDB осуществляется только через ссылки на веб-сайты участников.) Сайты-участники - это больше, чем просто зеркала хранителя архива, потому что участники предлагают на своих веб-сайтах различные инструменты для анализа структур в базе данных.

Достижения (взято из годовых отчетов wwPDB )

  • 2008 wwPDB теперь требует, чтобы, помимо координат атомов, амплитуды и интенсивности структурных факторов (для осаждения кристаллической структуры) и ограничений ЯМР (для осаждения структуры ЯМР) были депонированы в качестве предварительного условия для получения идентификатора PDB.
  • 2007 Выпущено исправленное PDB. Исправление включало изменение номенклатуры в соответствии со стандартами IUPAC. [4]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Всемирный банк данных по белкам. URL: http://www.wwpdb.org . Доступ: 22 апреля 2009 г.
  2. ^ Berman H, Henrick K, Накамура H (декабрь 2003). «Представляем всемирный банк данных о белках». Nat. Struct. Биол . 10 (12): 980. DOI : 10.1038 / nsb1203-980 . PMID  14634627 .
  3. ^ Х., Берман; Хенрик, К .; Nakamura, H .; Маркли, JL (январь 2007 г.). «Всемирный банк данных по белкам (wwPDB): обеспечение единого унифицированного архива данных PDB» (PDF) . Nucleic Acids Res . 35 (выпуск базы данных): D301 – D303. DOI : 10.1093 / NAR / gkl971 . PMC 1669775 . PMID 17142228 . Проверено 1/3/2008 .    Проверить значения даты в: |access-date=( помощь )
  4. ^ Х., Берман; и другие. (Январь 2008 г.). «Восстановление архива банка данных по белкам» . Nucleic Acids Res . 36 (выпуск базы данных): D426 – D433. DOI : 10.1093 / NAR / gkm937 . PMC 2238854 . PMID 18073189 . Проверено 1/3/2008 .   Проверить значения даты в: |access-date=( помощь )

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • Членские организации
    • RCSB PDB , Исследовательское сотрудничество в области структурной биоинформатики банка данных белков (США)
    • PDBe , банк данных о белках в Европе
    • PDBj , Банк данных по белкам , Япония
    • BMRB , Банк данных биологического магнитного резонанса (США)