9 февраля 1595 года в Нанси она вышла замуж за своего кузена Максимилиана I, курфюрста Баварии . Их брак был бездетным из-за бесплодия Елизаветы, которое было причиной страданий. Ее отношения с супругом были описаны как хорошие и гармоничные, несмотря на проблемы с фертильностью. [1]
Элизабет описывается как очень набожная католичка, посвятившая много времени своим религиозным обязанностям и прославившаяся своим аскетическим образом жизни. [1] Когда она только что вышла замуж, она казалась жизнерадостной и веселой, но с возрастом она стала более меланхоличной и депрессивной. [1] Максимилиан не давал Элизабет никакого политического влияния или задач, но она потратила много сил на благотворительность. [1]
Она умерла после продолжительной болезни. Максимилиан женился снова всего через несколько месяцев после ее смерти, в конечном итоге родив долгожданного наследника своего электората.