| Фибробактерии | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Суперфилум: | |
| Тип: | Фибробактерии Гаррити и Холт 2012 |
| Классы | |
Fibrobacteres - это небольшой бактериальный тип, который включает многие основные бактерии рубца , что способствует разложению растительной целлюлозы у жвачных животных. Члены этого типа были отнесены к другим типам. Род Fibrobacter (единственный род Fibrobacteres) был исключен из рода Bacteroides в 1988 г. [1]
Филогения и сравнительные геномные исследования [ править ]
Хотя Fibrobacteres , который состоит из одного рода Fibrobacter, содержащего два вида, в настоящее время признан отдельным типом, филогенетические исследования, основанные на последовательностях белков RpoC и Gyrase B, показывают, что Fibrobacter succinogenes тесно связана с видами из филы Bacteroidetes и Chlorobi . [2] Виды из этих трех типов также разветвляются в одном и том же положении на основе консервативных инделей сигнатур в ряде важных белков. [3] Наконец, что наиболее важно, сравнительные геномные исследования выявили две консервативные сигнатуры инделей (вставка из 5-7 аминокислот в белке RpoC и вставка из 13-16 аминокислот всерингидроксиметилтрансфераза ) и один сигнатурный белок (PG00081), которые уникальны для всех видов этих трех типов. [4] Все эти результаты предоставляют убедительные доказательства того, что виды из этих трех типов имели общего предка, за исключением всех других бактерий, и было предложено, чтобы все они были признаны частью единого супертипа «FCB». [2] [4]
Таксономия [ править ]
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN), [5] Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [6] и выпуске 123 LTP на основе 16S рРНК от The All-Species Living Дерево » . [7]
- Класс « Хитиниспириллы » ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Отряд « Chitinispirillales » Сорокин с соавт. 2016 г.
- Семейство Chitinispirillaceae ♠ Sorokin et al. 2016 г.
- Род " Chitinispirillum " ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Вид " Chitinispirillum alkaliphilum " ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Род " Chitinispirillum " ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Семейство Chitinispirillaceae ♠ Sorokin et al. 2016 г.
- Отряд « Chitinispirillales » Сорокин с соавт. 2016 г.
- Класс Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014 г.
- Отряд Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014 г.
- Семейство Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014 г.
- Род Chitinivibrio Sorokin et al. 2014 г.
- Виды Chitinivibrio alkaliphilus Sorokin et al. 2014 г.
- Род Chitinivibrio Sorokin et al. 2014 г.
- Семейство Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014 г.
- Отряд Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014 г.
- Класс Fibrobacteria Spain et al. 2012 г.
- Орден Candidatus Fibromonadales ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Семейство « Candidatus Fibromonadaceae » ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Род Candidatus Fibromonas ♠ Abdul Rahman et al. 2016 г.
- Вид « Candidatus Fibromonas termitidis » ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Род Candidatus Fibromonas ♠ Abdul Rahman et al. 2016 г.
- Семейство « Candidatus Fibromonadaceae » ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Заказ Fibrobacterales Spain et al. 2012 г.
- Семейство Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 г.
- Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988 г.
- Виды F. Кишечник Montgomery et al. 1988 г.
- Виды F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 г.
- Подвид F. s. elongatus Montgomery et al. 1988 г.
- Подвид F. s. succinogenes (Хангейт 1950) Монтгомери и др. 1988 г.
- Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988 г.
- Семейство Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 г.
- Орден Candidatus Fibromonadales ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
Примечания: ♠ Штаммы, обнаруженные в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не перечисленные в Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN)
Распространение [ править ]
Считается, что тип Fibrobacteres тесно связан с CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroides]. [4] Единственный род в этом типе - это Fibrobacter, который содержит штаммы из кишечника многих млекопитающих, включая крупный рогатый скот и свиней. [8] Два описанных вида этого рода, а именно, Fibrobacter succinogenes и Fibrobacter Кишечник, являются важными членами фибролитических сообществ в кишечнике млекопитающих и в последние десятилетия привлекли к себе большое внимание из-за давнего интереса микробов, способных разрушать растительную клетчатку.
Молекулярные доказательства, основанные на амплификации генов 16рРНК из различных сред, предполагают, что этот тип гораздо более распространен, чем считалось ранее. [9] [10] Большинство клонов из окружающей среды млекопитающих группируются вместе с известными изолятами в так называемом Fibrobacteres subphylum 1. [10] Однако члены Fibrobacteres subphylum 2 до сих пор были обнаружены только в кишечнике термитов. [10] [11] и у некоторых тараканов, питающихся пометом. [12] Преобладание Fibrobacteres subphylum 2 в бактериальных сообществах, ассоциированных с целлюлозолитическим волокном, в задних кишках кормящихся древесиной Nasutitermes Corniger.предполагает, что они играют важную роль в расщеплении растительного материала у высших термитов. [13]
См. Также [ править ]
- Fibrobacter succinogenes
- Кандидат типа TG3
- Список бактериальных заказов
Ссылки [ править ]
- ^ Монтгомери л, Flesher В, Stahl D (1988). «Перенос Bacteroides succinogenes (Hungate) в Fibrobacter gen. Nov. As Fibrobacter succinogenes comb. Nov. И описание Fibrobacter кишечника sp. Nov» . Int. J. Syst. Бактериол . 38 (4): 430–435. DOI : 10.1099 / 00207713-38-4-430 .
- ^ а б Гупта, RS (2004). «Характеристики филогении и сигнатурных последовательностей Fibrobacteres, Chlorobi и Bacteroidetes». Критические обзоры в микробиологии . 30 (2): 123–140. DOI : 10.1080 / 10408410490435133 . PMID 15239383 . S2CID 24565648 .
- ^ Гриффитс, E; Гупта, RS (2001). «Использование сигнатурных последовательностей в различных белках для определения относительного порядка ветвления бактериальных делений: доказательство того, что Fibrobacter разошлись в одно и то же время с Chlamydia и Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides» . Микробиология . 147 (9): 2611–22. DOI : 10.1099 / 00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 .
- ^ a b c Гупта, РС; Лоренцини, Э. (2007). «Филогения и молекулярные сигнатуры (консервативные белки и инделки), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi» . BMC Evolutionary Biology . 7 : 71. DOI : 10.1186 / 1471-2148-7-71 . PMC 1887533 . PMID 17488508 .
- ^ JP Euzéby. «Фибробактерии» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 5 июня 2016 .
- ^ Сэйерс; и другие. «Фибробактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 5 июня 2016 .
- ^ Проект «Живое дерево всех видов» . «Выпуск 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 5 июня 2016 .
- ↑ Ци, М. и Нельсон, К. Э. и Догерти, С. К. и Нельсон, В. К. и Ханс, И. Р. и Моррисон, М. и Форсберг, К. В. (2005). «Новые молекулярные особенности фибролитической кишечной бактерии Fibrobacter Кишечник, не общие с сукциногенами Fibrobacter, как определено супрессивной субтрактивной гибридизацией» . Журнал бактериологии . 187 (11): 3739–3751. DOI : 10.1128 / jb.187.11.3739-3751.2005 . PMC 1112041 . PMID 15901698 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Макдональд, JE; Локхарт, Р.Дж.; Кокс, MJ; Эллисон, HE; Маккарти, AJ (2008). «Обнаружение новых популяций Fibrobacter на свалках и определение их относительной численности с помощью количественной ПЦР». Экологическая микробиология . 10 (5): 1310–1319. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 .
- ^ Б с Hongoh, Y. и Deevong, П. и Хаттори, С. и Inoue, T. и Нода, С. и Noparatnaraporn, Н. и Kudo, Т. и Ohkuma, M. (2006). «Филогенетическое разнообразие, локализация и морфология клеток членов кандидатного типа TG3 и подтипа в филуме Fibrobacteres, недавно обнаруженные бактериальные группы, доминирующие в кишечнике термитов» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (10): 6780–6788. DOI : 10,1128 / aem.00891-06 . PMC 1610327 . PMID 17021231 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Микаелян, А .; Дитрих, С .; Köhler, T .; Poulsen, M .; Силлам-Дюссес, Д .; Брюн, А. (2015). «Диета является основным фактором, определяющим структуру бактериального сообщества в кишечнике высших термитов». Молекулярная экология . 24 (20): 5824–5895. DOI : 10.1111 / mec.13376 . PMID 26348261 . S2CID 206182668 .
- ^ Микаелян, А .; Köhler, T .; Lampert, N .; Rohland, J .; Boga, H .; Meuser, K .; Брюн, А. (2015). «Классификация бактериальной микробиоты кишечника термитов и тараканов: кураторская филогенетическая справочная база данных (DictDb)». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (7): 472–482. DOI : 10.1016 / j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 .
- ^ Микаелян, А .; Strassert, J .; Токуда, Г .; Брюн, А. (2014). «Связанное с волокном целлюлолитическое бактериальное сообщество в задней части кишечника высших термитов, питающихся древесиной (Nasutitermes spp.)». Экологическая микробиология . 16 (9): 2711–2722. DOI : 10.1111 / 1462-2920.12425 .
- Холт Дж. Г. (редактор) (1994). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (9-е изд.). Уильямс и Уилкинс. ISBN 978-0-683-00603-2.CS1 maint: дополнительный текст: список авторов ( ссылка )
Внешние ссылки [ править ]
- Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре - род Fibrobacter
- Классификация Systema Naturae 2000: Phylum Fibrobacteres
