Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
База данных исследований гриппа
IRD-logo-white.png
База данных исследований гриппа
Покрытие
ДисциплиныПубличная база данных и инструменты
Ссылки
Интернет сайтhttp://www.fludb.org/

База данных по гриппу исследований (ИРД) [1] [2] [3] является интегративной и всеобъемлющей общедоступной базы данных и анализ ресурсов для поиска, анализа, визуализации, сохранения и обмена данными для исследования вируса гриппа. IRD является одним из пяти центров ресурсов по биоинформатике (BRC), финансируемых Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), входящим в состав Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения США. Социальные службы .

Типы данных в IRD [ править ]

  • Данные о сегментах, белках и штаммах
  • Данные наблюдения за животными
  • Клинические данные человека
  • Экспериментально определенные и предсказанные иммунные эпитопы
  • Особенности последовательности [4]
  • Предсказанные белковые домены и мотивы
  • Аннотации генной онтологии
  • Расчетная оценка сохранения последовательности
  • Классификация клада последовательностей НА высокопатогенного птичьего гриппа H5N1
  • 3D-структуры белков
  • Данные праймеров для ПЦР взяты из литературы
  • Экспериментальные данные лабораторных экспериментов и клинических испытаний
  • Данные фенотипических характеристик взяты из литературы
  • Данные серологии
  • Данные фактора хозяина

Инструменты анализа и визуализации в IRD [ править ]

  • BLAST: предоставляет настраиваемые базы данных IRD для определения наиболее связанных последовательностей
  • Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить пептидные последовательности в целевых белках.
  • Идентифицировать точечные мутации: идентифицирует белки гриппа, содержащие определенные аминокислоты в указанных пользователем положениях
  • Выравнивание множественных последовательностей : позволяет пользователям выравнивать последовательности сегментов / белков с помощью MUSCLE
  • Визуализация выравнивания последовательностей: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей
  • Построение филогенетического дерева : вычисляет дерево с использованием различных алгоритмов и эволюционных моделей.
  • Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штаммов с цветовой кодировкой на дереве, созданном с помощью одного из нескольких доступных алгоритмов и / или эволюционных моделей и просматриваемых с помощью Archeopteryx
  • 3D-визуализация структуры белка: объединяет файлы структуры белка PDB с оценкой сохранения последовательности и функциями последовательности IRD и предоставляет интерактивную программу просмотра структуры белка 3D с использованием Jmol
  • Анализ типа варианта признака последовательности (SFVT): [4] предоставляет централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательности в каждой определенной области.
  • Инструмент сравнительного анализа последовательностей на основе метаданных (Meta-CATS): автоматизированный сравнительный статистический анализ для определения позиций, которые значительно различаются между группами последовательностей, определяемыми пользователем
  • Анализ вариации последовательности (SNP): предварительно вычисленный анализ вариации последовательности во всех последовательностях IRD; также позволяет пользователям вычислять степень вариации последовательностей в заданных пользователем последовательностях
  • Праймеры / зонды для ПЦР: предоставляет репозиторий часто используемых праймеров для идентификации вируса гриппа и вычисляет полиморфизм всех связанных последовательностей IRD в положениях праймеров.
  • Дизайн праймеров для ПЦР: позволяет проектировать праймеры для ПЦР для IRD и пользовательских последовательностей
  • Аннотация последовательности: определяет тип вируса гриппа, номер сегмента и подтип предоставленной пользователем нуклеотидной последовательности (для сегментов 4 и 6) и переводит нуклеотидную последовательность
  • Классификация клада HPAI H5N1: предсказывает кладу высокопатогенных последовательностей НА H5
  • ReadSeq: преобразование между различными форматами последовательностей
  • Инструмент для отправки данных: позволяет пользователям отправлять последовательности гриппа, характеристики последовательностей и экспериментальные данные онлайн.
  • Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа.
  • Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализа

Ссылки [ править ]

  1. ^ IRD База данных исследований гриппа BRC
  2. ^ Сквайрс, Р. Б., Норонья, Дж., Хант, В. и др. База данных исследований гриппа: интегрированный биоинформатический ресурс для исследований и эпиднадзора за гриппом. Другие респираторные вирусы гриппа. (2012) 6 (6): 404–416. DOI: 10.1111 / j.1750-2659.2011.00331.x
  3. ^ Сквайрс Б., Маккен С., Гарсия-Састре А. и др. BioHealthBase: информационная поддержка для выяснения взаимодействий и вирулентности вируса гриппа "хозяин-патоген". Nucleic Acids Res. (2008) 36 (приложение 1): D497-D503. DOI: 10.1093 / nar / gkm905
  4. ^ а б Норонья, Дж. М., Лю, М., Сквайрс, Р. Б. и др. Анализ типа варианта признака последовательности гриппа (Flu-SFVT): доказательства роли NS1 в ограничении круга хозяев гриппа. J Virol. (2012) 86 (10): 5857-5866. DOI: 10.1128 / JVI.06901-11

Внешние ссылки [ править ]