InterMine

InterMine - это система хранилища данных с открытым исходным кодом , лицензированная по LGPL 2.1 . InterMine используется для создания баз данных биологических данных, доступ к которым осуществляется с помощью сложных инструментов веб-запросов. InterMine может использоваться для создания баз данных из одного набора данных или может интегрировать несколько источников данных. Предоставляется поддержка нескольких распространенных биологических форматов и есть структура для добавления других данных. InterMine включает удобный веб-интерфейс, который работает «из коробки» и может быть легко настроен. ^{[1] [2]}

InterMine позволяет легко интегрировать несколько источников данных в одно хранилище данных. Он имеет базовую модель данных, основанную на онтологии последовательностей, и поддерживает несколько форматов биологических данных, что позволяет системным администраторам настраивать, какие организмы или файлы данных требуются. Модель данных легко расширить и интегрировать другие данные с помощью API веб-службы, клиентов на семи разных языках и формата XML для импорта пользовательских данных.

В качестве активного проекта с открытым исходным кодом, InterMine поддерживает список рассылки разработчиков и тщательный разработчик и пользовательскую документацию .

Поддерживаемые форматы данных [ править ]

• Чадо
• GFF3
• FASTA
• Файлы GO и ассоциации генов
• UniProt XML
• PSI XML (взаимодействия белков, инициатива по структуре белков )
• InParanoid ортологи
• Ансамбль

Клиенты [ править ]

Веб - клиенты позволяют пользователям получить доступ к данным программно с минимальными усилиями, и доступны для Perl , Python , рубин , JavaScript , Java и R . Данные также можно запрашивать через собственное приложение для Android .

Веб-приложение [ править ]

Веб-приложение InterMine позволяет создавать пользовательские биоинформатические запросы, включая шаблоны запросов (веб-формы для выполнения «шаблонных» запросов). Пользователи могут загружать списки данных и работать с ними. Есть возможность настраивать / создавать виджеты для анализа списков с графиками и статистикой обогащения.

Пользователь-администратор может публиковать новые шаблоны запросов, изменять страницы отчетов и создавать общедоступные списки в любое время без какого-либо программирования. Многие аспекты веб-приложения можно настраивать и маркировать.

Текущие проекты (не исчерпывающий список) [ править ]

Актуальный список проектов можно посмотреть в Реестре InterMine.

• База данных универсальных модельных организмов
• MODENCODE
• FlyMine
• HumanMine
• RatMine
• Дрожжи
• TargetMine
• MitoMiner
• MouseMine
• ДаниоМина
• Червячная шахта
• ИНДИГО
• ThaleMine
• TargetMine
• Фитомайн
• MedicMine
• BovineMine
• Перепончатокрылые
• SoyMine
• BeanMine
• Нута
• Бобовые
• Арахисовый
• Шааре
• Пшеница3Bmine
• PlanMine
• Виноградная шахта
• RepetDB
• XenMine
• CHOMine

Ссылки [ править ]

Внешние ссылки [ править ]

• InterMine
• Департамент генетики Кембриджского университета
• Wellcome Trust
• Документация InterMine API