Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из JATS )
Перейти к навигации Перейти к поиску
"JATS" перенаправляется сюда. Для использования в других целях, см Джат (значения) .
Jats-logo.jpg
Положение делОпубликовано
Впервые опубликовано31 марта 2003 г. ( 2003-03-31 )
Последняя версияNISO JATS 1.2
8 февраля 2019 г. ( 2019-02-08 )
Организация
Авторы
Базовые стандартыXML
Связанные стандарты
  • Набор тегов стандартов NISO (NISO-STS)
  • Набор тегов обмена книгами (BITS)
  • Схема публикации SciELO (SPS)
Домен
СокращениеJATS
Интернет сайтjats .nlm .nih .gov

Набор тегов для статей журнала ( JATS ) - это формат XML , используемый для описания научной литературы, опубликованной в Интернете. Это технический стандарт, разработанный Национальной организацией информационных стандартов (NISO) и одобренный Американским национальным институтом стандартов под кодом Z39.96-2012 .

Проект NISO был продолжением работы, проделанной NLM / NCBI , и популяризирован PubMed Central NLM как фактический стандарт для архивирования и обмена научными журналами с открытым доступом и их содержимым с помощью XML .

Благодаря стандартизации NISO инициатива NLM получила более широкое распространение, и несколько других репозиториев, таких как SciELO и Redalyc , приняли форматирование XML для научных статей .

JATS предоставляет набор элементов и атрибутов XML для описания текстового и графического содержания статей журнала, а также некоторых материалов, не относящихся к статьям, таких как письма, редакционные статьи, обзоры книг и продуктов. [1] JATS позволяет описывать полное содержание статьи или только метаданные заголовка статьи; и разрешает другие виды содержания, включая исследовательские и не исследовательские статьи, письма, редакционные статьи, обзоры книг и продуктов.

История [ править ]

С момента своего появления пакет DTD NLM Archiving and Interchange от NCBI стал де-факто стандартом разметки журнальных статей в научных публикациях . [2] С появлением NISO JATS он стал настоящим стандартом . [3] Даже без общедоступного обмена данными преимущества внедрения NISO JATS позволяют издателям упростить производственные рабочие процессы и оптимизировать взаимодействие систем. [4] [5]

Хронология [ править ]

NLM JATS
NLM JATS, версия 1
  • 31 марта 2003 г . : Представлен NLM DTD v1.0.  ( 2003-03-31 )[6]
  • 5 ноября 2003 г . : выпущено обновление версии 1.1.  ( 2003-11-05 )[6]
NLM JATS, версия 2
  • 30 декабря 2004 г . : выпущено основное обновление версии 2.0. Он разработан для поддержки лучших практик настройки.  ( 2004-12-30 )[6]
  • 14 ноября 2005 г . : Выпущено обновление версии 2.1 с добавлением DTD создания статей .  (2005-11-14)[6] [7]
  • 8 июня 2006 г . : выпущено обновление версии 2.2.  (2006-06-08)[6]
  • 28 марта 2007 г . : выпущено обновление версии 2.3.  (2007-03-28)[6]
NLM JATS, версия 3
  • 21 ноября 2008 г . : выпущено основное обновление версии 3.0.  (2008-11-21)[6] [7]
НИСО ДЖАТС
NISO JATS, версия 1.0
  • 30 марта 2011 г.  - 30 сентября 2011 г . : выпущен первый черновик, NISO Z39.96.201x версии 0.4; шестимесячный период комментариев.  (2011-03-30) (2011-09-30)[8]
  • 15 июля 2012 г . : NISO JATS v1.0 получил одобрение NISO.  (2012-07-15)[9]
  • 9 августа 2012 г . : NISO JATS v1.0 получил одобрение ANSI.  (2012-08-09)[9]
  • 22 августа 2012 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2012, JATS: набор тегов для статей журнала (версия 1.0). Он поддерживает полную обратную совместимость с NLM JATS v3.0.  (2012-08-22)[6] [9]
NISO JATS, версия 1.1
  • 9 декабря 2013 г . : выпущен первый черновик NISO JATS v1.1d1.  (2013-12-09)[10]
  • 29 декабря 2014 г . : выпущен второй проект, NISO JATS, v1.1d2.  (2014-12-29)[11]
  • 14 апреля 2015 г . : выпущен третий проект, NISO JATS, v1.1d.  (2015-04-14)[12]
  • 22 октября 2015 г . : NISO JATS v1.1 получил одобрение NISO.  (2015-10-22)[13]
  • 19 ноября 2015 г . : NISO JATS, v1.1 получил одобрение ANSI  (2015-11-19)[13]
  • 6 января 2016 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2015, JATS: набор тегов для статей журнала, версия 1.1.  (2016-01-06)[13]
NISO JATS, версия 1.2
  • 20 июля 2017 г . : выпущен первый проект NISO JATS v1.2d1.  (2017-07-20)[14]
  • 23 мая 2018 г . : выпущен первый черновик NISO JATS v1.2d2.  (2018-05-23)[15]
  • 8 февраля 2019 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2019, JATS: набор тегов для статей журнала, версия 1.2.  (2019-02-08)[16]

Технические возможности [ править ]

По замыслу, это модель для журнальных статей, таких как типичная исследовательская статья из журнала STM , а не модель для полных журналов. [17]

Наборы тегов [ править ]

3 спецификации. Из-за их цветной документации, в разговорной речи упоминаются по цвету.

Есть три набора тегов:

Журнал Архивирование и Interchange ( зеленый )
«Самый разрешительный из наборов тегов» [18], в первую очередь предназначенный для сбора и архивирования существующих данных журнала.
Издание журнала ( синий )
«Умеренно предписывающий набор тегов» [18], предназначенный для общего использования при производстве и публикации журналов.
Формально эта модель является подмножеством модели архивирования . Это наиболее часто используемый вариант JATS.
Создание статей ( оранжевый )
«Самый строгий [самый строгий и самый маленький] из наборов тегов» [18], предназначенный для относительно легкого создания журнальных статей, подходящих для JATS.
Формально эта модель является подмножеством модели публикации .

Определения типов документов (также выпущенные в форме RELAX NG и схемы XML ) определяют каждый набор и включают другие стандарты, такие как MathML и таблицы XHTML (хотя и не в пространстве имен XHTML ).

Структура документа [ править ]

Публикационный набор JATS определяет документ, который является компонентом верхнего уровня журнала, например, статью, книгу или обзор продукта или письмо в редакцию. Каждый такой документ состоит из вступительной части (обязательно) и до трех дополнительных частей. [17] Они должны появляться в следующем порядке:

Лицевая сторона
Титульный лист статьи содержит метаданные для статьи (также называемые информацией заголовка статьи), например, название статьи, журнал, в котором она публикуется, дату и выпуск публикации для этого выпуска этого журнала, заявление об авторских правах и т. Д. Могут быть записаны метаданные как на уровне статьи, так и на уровне выпуска (в элементе <article-meta>), а также метаданные на уровне журнала (в элементе <journal-meta>).
Тело (статьи)
Тело статьи - это основное текстовое и графическое содержание статьи. Обычно он состоит из абзацев и разделов, которые сами могут содержать рисунки, таблицы, боковые панели (текст в рамке) и т. Д. Тело статьи необязательно для размещения тех репозиториев, которые просто хранят информацию заголовка статьи и не помечают текстовое содержимое.
Назад дело
Если таковой имеется, обратная сторона статьи содержит дополнительную информацию к основному тексту, такую ​​как глоссарий, приложение или список цитируемой литературы.
Плавающий материал
Издатель может разместить все плавающие объекты в статье и ее задней части (например, таблицы, рисунки, боковые панели текста в рамке и т. Д.) В отдельный элемент-контейнер вне потока повествования для удобства обработки. [17]

После передней части, тела, спины и плавающего материала может быть один или несколько ответов на статью или одно или несколько подчиненных статей. [17]

Пример [ править ]

Это минимальная структура статьи,

<? xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> <! DOCTYPE article  PUBLIC "- // NLM // DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330 // EN"  "JATS- journalpublishing1.dtd " > <article  dtd-version = " 1.0 "  article-type = " article "  specific-use = "  migrated " xmlns: mml = " http://www.w3.org/1998/Math/MathML "  xmlns : xlink = "http://www.w3.org/1999/xlink"  >  <front> ... </front>  <body> ... </body>  <back> ... </back> < / статья>

DOCTYPEЗаголовок не является обязательным, в наследство от SGML и DTD ориентированных валидаторы . dtd-versionАтрибут может использоваться даже без заголовка DTD.

Корневой элемент articleявляется общим для любой версии JATS или "семейства JATS", как NLM DTD. Правила для front, bodyи backметких проверок, зависят от версии JATS, но все версии имеют одинаковую структуру, с хорошей совместимостью в диапазоне лет. Эволюция схемы сохраняет общую стабильность.

Менее распространенные варианты «только front», «только» frontи «только back» также используются для других окончаний, кроме представления полного содержания. Общий состав статьи (как выражение DTD-содержимого )

 (перед, корпус?, зад?, группа поплавков ?, (подпункт * | ответ *))

Инструменты [ править ]

Существует множество инструментов для создания, редактирования, преобразования и преобразования JATS. Они варьируются от простых форм [19] до полной автоматизации преобразования:

Конверсия [ править ]

В JATS
Возьмите в качестве входных данных научный документ и, при некоторой поддержке человека, создайте выходные данные JATS.
  • Документы OpenOffice ( LibreOffice ) и MS Word в JATS:
    • Набор: предоставляет автоматизированный набор конвертеров для MS-Word в JATS XML .
    • OxGarage : [20] может конвертировать документы из различных форматов в «Национальную медицинскую библиотеку (NLM) DTD 3.0».
    • meTypeset : meTypeset [21] "является ответвлением стека OxGarage" "для преобразования из формата Microsoft Word .docx в NLM / JATS-XML".
    • eXtyles : [22] автоматизирует трудоемкие аспекты редактирования документов в Microsoft Word и экспортирует в JATS XML (а также во многие другие DTD).
  • Markdown пригодной для JATS: pandoc «S "pandoc-джаты" плагин. [23] Pandoc 2.0 может преобразовывать ряд входных форматов в JATS. [24] [ нужен лучший источник ]
  • PDF в JATS: это очень сложная проблема. Успех зависит от того, насколько хорошо структурированы ваши PDF-файлы, а в случае пакетного преобразования - насколько последовательно структурированы ваши PDF-файлы.
    • Шабаш Меропс [25]
    • Конвертер PDF в JATS XML
    • Проекта Public Knowledge [26] разрабатывает трубопровод для преобразования PDF в JATS. Это будет включать использование pdfx . [27]
    • CERMINE Content ExtRactor и MINEr [28]
От JATS
Возьмите JATS в качестве входных данных, создайте другой вид документа в качестве выходных.
  • из JATS в HTML
    • Таблицы стилей предварительного просмотра JATS (каноническое преобразование XSLT ), см. Классический (2013) конверсор. [29]
    • eLife Lens [30] конвертирует NLM XML в JSON для отображения с использованием HTML и Javascript.
  • из JATS в PDF: некоторые таблицы стилей предварительного просмотра JATS, преобразование XSLT + XSL-FO.
  • из JATS в EPUB. [31]
  • Generic (из JATS DTD): DtdAnalyzer [32] - сравнивает JATS с другими DTD и помогает в создании XML-представления, генерации XSLT и Schematron и других инструментов.

Редакторы [ править ]

  • Typeset предоставляет редактор WYSIWYM для научных статей. Поддерживает экспорт XML в стандартах NISO JATS и NLM JATS. Он в основном используется журналами и издателями, которые хотят преобразовать отправленные автором файлы MS-Word в XML, PDF, HTML и ePuB. [33]
  • JATS Framework для oXygen XML Editor: пользователи oXygen XML Editor и oXygen XML Author теперь могут установить поддержку текущих версий NISO JATS (и, в качестве бонуса, NLM BITS). На основе идентификатора, указанного в объявлении DOCTYPE, oXygen обнаружит, что вы редактируете документ JATS, и предоставит таблицы стилей и служебные программы. [34]
  • FontoXML для JATS: редактор WYSIWYS для редактирования и просмотра содержимого JATS: [35]
  • PubRef "Pipeline": браузер JATS-редактор для предварительного просмотра в реальном времени: [36]
  • Аннотация : [37] тема WordPress, содержащая WYSIWYG-авторинг в JATS (подмножество Киплинга), рецензирование и редакционное управление, а также публикацию. [38]
  • Выпуск JATS для веб-редактора XML Xeditor .
  • Редактор текстур [39] консорциума Substance. [40] Первый онлайн-редактор, рожденный JATS. [41]
  • Libero Editor , разработанный eLife, описывает себя как «удобный интерфейс редактирования, разработанный для сотрудников издателей и авторов для создания высококачественного JATS XML».

Предварительный просмотр [ править ]

Инструменты, которые отображают JATS как HTML, обычно "на лету".

  • Таблицы стилей предварительного просмотра JATS: [42] Таблицы стилей предварительного просмотра JATS представляют собой серию файлов .xsl, .xpl, .css и .sch, которые создают версии .html или .pdf действительных файлов NISO Z39.96-2012 JATS 1.0. Он в первую очередь предназначен для внутреннего использования издателями и является основой для настройки. [43]
  • Набор - позволяет генерировать HTML из JATS XML в один клик. Кроме того, предлагает возможность создания пользовательского HTML в соответствии с требованиями журнала. [44]
  • PubReader - «Представление PubReader - это альтернативная веб-презентация ... Разработанный специально для улучшения читаемости на планшетах и ​​других устройствах с маленьким экраном, PubReader также можно использовать на настольных и портативных компьютерах и из нескольких веб-браузеров». [45]

Настройка [ править ]

Jatsdoc
Создает документацию для любой конкретной настройки JATS. Jatsdoc интегрирован с NCBI DtdAnalyzer . [46] [47]

Центральные репозитории JATS [ править ]

Поскольку NISO JATS ввел стандарт де-факто и де-юре для журналов с открытым доступом , научное сообщество приняло репозитории JATS как своего рода обязательный депозит , который иногда считается более ценным, чем традиционные цифровые библиотеки, где хранится только версия в формате PDF. Открытые знания нуждаются в более богатых и структурированных форматах, таких как JATS: PDF и JATS должны быть сертифицированы как «одинаковое содержание», а набор «PDF + JATS» образует единицу обязательного депозита. Список репозиториев JATS и содержащихся в нем:

  • PubMed Central : (проверьте эти числа)
    • PubMed Central в США: в 2016 г. ~ 3,8 млн статей [48]
    • Europe PubMed Central : в 2016 г. ~ 3,7 млн ​​статей [49]
  • SciELO : в 2016 г. ~ 0,6 млн статей [50]

Эти репозитории частично совпадают, и одна и та же статья может храниться в нескольких репозиториях.

Альтернативы и семантика [ править ]

В 2012 г. [51] были предприняты некоторые попытки и эксперименты с использованием преобразования RDF, которые не повлияли на сообщество JATS.

Позже, примерно в 2016 году, для контекста семантической паутины , с инициативой SchemaOrg , был определен класс ScholarlyArticle , получивший лучший отклик . Это начальная «JATS-подобная стандартизация» для контекстов использования RDF.

См. Также [ править ]

Относится к

  • IMRAD (Введение, методы, результаты и обсуждение)
  • NISO
  • Данные открытой науки
  • Научная литература
  • Семантическая публикация
  • Разделение презентации и содержания 
  • XML

Используется (цифровое хранение)

  • PubMed Central
  • SciELO

Используется (публикация)

  • Эльзевир
  • НПГ
  • Системы открытых журналов
  • PLOS

Похожий на

  • DocBook
  • Инициатива кодирования текста
  • SchemaOrg ( научная статья )
  • XHTML

Ссылки [ править ]

  1. ^ ANSI / NISO Z39.96-2012 ISSN  1041-5653 . См. Z39.96-2012.pdf на www.niso.org/standards/z39-96-2012.
  2. ^ Бек, J (2011). "NISO Z39.96 The Journal article Tag Suite (JATS): Что случилось с DTD NLM?" . Журнал электронных публикаций . 14 (1). DOI : 10.3998 / 3336451.0014.106 . PMC 3227009 . PMID 22140303 .  
  3. Перейти ↑ Zimmerman, Sara (2012). «Новый стандарт набора тегов статей журнала NISO» . Zeeba.tv .
  4. ^ Донохью, Пол; Шерман, Дженни; Мистри, Эшвин (2015). «Долгая дорога в JATS» . Журнал Статья Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2015 . JATS-Con 2015 . Bethesda, MD: Национальный центр биотехнологической информации.
  5. ^ Usdin, Tommie; Лапейр, Дебора Алейн; Гласс, Картер М. (2015). «Наложение бизнес-правил на JATS» . Журнал Статья Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2015 . JATS-Con 2015 . Bethesda, MD: Национальный центр биотехнологической информации.
  6. ^ a b c d e f g h "Пакет тегов для архивирования и обмена журналами NLM" . Национальный центр биотехнологической информации. 13 сентября 2012. Архивировано 27 августа 2016 года.
  7. ^ a b «JATS и DTD NLM» . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации. 8 января 2016 года. Архивировано 7 марта 2016 года.
  8. ^ «NISO JATS v0.4: Проект стандарта для пробного использования» . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации.
  9. ^ a b c "ANSI / NISO Z39.96-2012 JATS: Набор тегов для статей журнала" . Национальная организация по информационным стандартам . 26 июля 2013 г.
  10. ^ "JATS v1.1d1 (ПРОЕКТ)" . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
  11. ^ "JATS v1.1d2 (ПРОЕКТ)" . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
  12. ^ "JATS v1.1d3 (ПРОЕКТ)" . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
  13. ^ a b c "ANSI / NISO Z39.96-2015 JATS: Набор тегов статей журнала" . Национальная организация по информационным стандартам . 8 января 2016 г.
  14. ^ "JATS v1.2d1" . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации.
  15. ^ "JATS v1.2d2" . Набор тегов для статей журнала . Национальный центр биотехнологической информации.
  16. ^ "ANSI / NISO Z39.96-2019, JATS: Набор тегов статей журнала" . Национальная организация по информационным стандартам . 8 февраля 2019.
  17. ^ a b c d "Общее введение" . Библиотека тегов публикации журнала NISO JATS Version 1.0 . Национальный центр биотехнологической информации. Август 2012 г.
  18. ^ a b c "JATS: Набор тегов статей журнала" . Национальный центр биотехнологической информации.
  19. ^ Форма ввода метаданных JATS 2012 года.
  20. ^ http://www.oucs.ox.ac.uk/oxgarage/ ( документация )
  21. ^ "MartinPaulEve / meTypeset" . GitHub . 2019-06-20.
  22. ^ "eXtyles" .
  23. ^ https://github.com/mfenner/pandoc-jats ( инструкции и объяснение )
  24. ^ https://groups.google.com/d/msg/pandoc-discuss/09XJwmrTXjI/hNKYso_5AgAJ
  25. ^ «Меропс: мощный ИИ для издателей и редакторов» .
  26. ^ "Общественный проект знаний" .
  27. ^ Константин, С. Петтифер (2013). «PDFX: полностью автоматизированное преобразование научной литературы из PDF в XML» . Материалы Симпозиума ACM по проектированию документации 2013 г. - DocEng 13 : 177–180. DOI : 10.1145 / 2494266.2494271 .
  28. ^ "КЕРМИНА" .
  29. ^ https://github.com/ncbi/JATSPreviewStylesheets 2013 г.
  30. ^ "Линза eLife" .
  31. ^ biglist.com/mulberrytech msg и ncbi.nlm.nih.gov/books описание статьи
  32. ^ "ncbi / DtdAnalyzer" . GitHub . 2019-04-19.
  33. ^ "Схема архивирования журнала и библиотеки тегов" . Верстать .
  34. ^ "wendellpiez / oXygenJATSframework" . GitHub . 2019-06-24.
  35. ^ https://fontoxml.com/jats/
  36. ^ https://pubref.org
  37. ^ "Аннотум" .
  38. ^ Карл Leubsdorf , Jr (2011). Аннотация: платформа для разработки и публикации с открытым исходным кодом, основанная на WordPress . Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2011 - NCBI Bookshelf.
  39. ^ «GitHub - субстанция / текстура: визуальный редактор для исследований» . 2019-06-25.
  40. ^ «Консорциум вещества» .
  41. ^ "Текстура - открытый научный редактор рукописей", https://elifesciences.org/labs/8de87c33
  42. ^ "ncbi / JATSPreviewStylesheets" . GitHub . 2019-02-11.
  43. ^ Венделл Пьез (2010). «Подгонка таблиц стилей предварительного просмотра журнала Publishing 3.0 к вашим потребностям: возможности и настройки» . Журнальная статья Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2010 - NCBI Bookshelf.
  44. ^ "Набор для журналов и издателей" . Набор для издателей . 4 января 2020.
  45. ^ NCBI / PubReader с исходным кодом на github.com/ncbi/PubReader
  46. ^ Мэлони, Крис (2017-09-08). "Браузер документации Jatsdoc" . GitHub .
  47. ^ «DtdAnalyzer: инструмент для анализа и управления DTD» . Набор тегов для архивирования и обмена журналами . Национальный центр биотехнологической информации.
  48. ^ Домашняя страница PMC, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
  49. ^ PMC Europe, страница «О нас», http://europepmc.org/About
  50. ^ Домашняя страница SciELO, http://www.scielo.org/php/index.php?lang=en
  51. ^ От разметки к связанным данным: отображение NISO JATS v1.0 в RDF с использованием онтологий SPAR (семантическая публикация и ссылки) . Национальный центр биотехнологической информации (США). 2012 г.

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Packer, Abel L .; Сальгадо, Элиана; Арауджо, Джавани; Акино, Летисия; Алмейда, Рената; Сантос, Джеснер; Лусена, Сьюли; Соарес, Кэролайн М. (4 апреля 2014 г.). "Почему именно XML?" . SciELO в перспективе .
  • Шарп, Молли (4 июня 2013 г.). «Структурированные документы для науки: JATS XML как канонический формат содержимого» . PLOS Tech .

Внешние ссылки [ править ]

  • Набор тегов статей журнала NLM - сайт информации и документации NCBI.
  • NISO JATS Version 1.1 (текущий стандарт):
    • Библиотека тегов архивирования и обмена
    • Публикация библиотеки тегов
    • Библиотека тегов создания статей
  • Стили и настройки:
    • Схема публикации SciELO (SPS) - настройка SciELO.
    • Рекомендации по тегам предпочтительного стиля тегов XML PubMed Central
    • Набор тегов стандартов ISO (ISOSTS) как настройка NISO JATS
    • NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) , основанный на JATS.
    • TextureJATS , минимальное связное подмножество JATS.
  • Открытое сообщество JATS:
    • Сообщество "JATS for Reuse" (JATS4R), валидатор
    • Сообщество SchemaOrg, ScholarlyArticle
    • XML-JATS PeerJ в HTML5-научную статью